PhyloBayes-MPI安装2021-01-08

PhyloBayes-MPI的github地址：
https://github.com/bayesiancook/pbmpi

github上面的东西下载以后不知道咋安装，啥啥都没有？还好有conda。

PhyloBayes-MPI的anaconda地址：
https://anaconda.org/bioconda/phylobayes-mpi

1.> 安装PhyloBayes-MPI

直接使用如下命令就可以安装使用

conda install -c bioconda phylobayes-mpi 

除此以外，本次选择用如下命令将pb_mpi装在指定文件夹下面。
这个文件夹下就有pb_mpi独立运行所需的一切，可以方便地拷贝到别的电脑上。
*需要注意的是，需要保持路径的一致。
比如在A电脑将pb_mpi安装在/apps/pb_mpi，则B电脑也需要是/apps/pb_mpi路径。

conda install -c bioconda phylobayes-mpi -p /apps/pb_mpi

/apps/pb_mpi/:
 - bin   #主程序在bin
 - conda-meta
 - etc
 - include
 - lib
 - share
 - x86_64-conda_cos6-linux-gnu

2. > 添加软件路径到环境变量

独立使用可以将软件主程序目录添加到环境变量内。
参考网址
https://www.cnblogs.com/jpfss/p/11107080.html
1-添加到当前用户的全局设置设置中

vim ~/.bashrc
#按insert输入如下内容
export PATH=/apps/pb_mpi/bin:$PATH
#按Esc，输入：wq！保存退出
source .bashrc

2-添加到所有用户的全局设置中

vim /etc/profile
#按insert输入如下内容
export PATH=/apps/pb_mpi/bin:$PATH
#按Esc，输入：wq！保存退出
source profile

3. >测试使用

$PATH可以展示以：分割的环境路径。

echo $PATH

/apps/pb_mpi/bin:

可以准备一个phy文件测试一下pb_mpi是否可以使用。

mpirun -np 4 pb_mpi -d test.phy  -cat -gtr -x 10 1000 chain1

model:
stick-breaking Dirichlet process mixture (cat)
exchangeabilities estimated from data (gtr)
discrete gamma distribution of rates across sites (4 categories)

read data from file : test.phy
number of taxa  : 351
number of sites : 3069
number of states: 20
#测试我只用了一个链，正式运行需要至少两条。
#出现上面这些信息基本是可以正常运行了。