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解释IGV结果

解释IGV结果

作者: byejya | 来源:发表于2020-08-16 19:22 被阅读0次

背景:1.只是一条多比对的,所以重叠的也是两个不同的测序,不是一次测序。那么重叠能说明什么?

           2.没在intron中查看,而是在整个reference.fa里看的。

来几张有意思的图

非同一次测序但是重叠的 这个也很有意思 最上面是测序深度很深?

有着一样的断开的位置,期待同一条的read1 read2 多比对是什么样子,那个好解释而且置信度大。

仔细看还有个特点:密集在一段区域里。其他地方时大片空白。看来在全基因组里查看是有意义的。

在一段区域里会密集的出现

这样能解释白色片段

白色区段,突兀的出现在空白区

看片段上的文字也能了解到,是一段匹在chr1,另一段在chr3。可见这种密集出现的特性也是有的,虽然是因为样本特殊,不过测序深度深应该也有这种特点?总之,虽然有样本特殊的原因,但是也确实符合已知认识,因此取出的序列应该是有把握正确的。

挺密集

另外白色的确实不少,应该过滤掉。

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