前言

OK，这里只是初尝关联分析，有很多参数上的设置，及说明

请参考其他文章（有空会在最下面补上）。

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书接上一回（GWAS分析-说人话（4）合并数据），当我们整理好了一个合并后的对照组和实验组数据后，就可以“发动咒语，启动大招了”！

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --noweb --bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol --allow-no-sex --assoc --out sccontrol

说人话：

告诉电脑Plink位置

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink 

不要检查基于Web的版本

--noweb 

“施法对象”，明显是一个二进制文件（bfile），b格高的文件？b是二进制（binary）啦～

--bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol 

我的数据没有性别数据，不用看性别这一栏

--allow-no-sex 

#法术名称：关联分析！

--assoc 

#输出结果（就是你分析完后，得有个记录啊，分析后的数据要找个地方写下来啊！）

--out sccontrol

结束画面，看到Done 是不是呗爽？我是不会告诉你我一开始没有写--allow-no-sex报错了几次的～

系统自动生成文件

系统相应位置自动生成关联分析文件

好的，结果出来了。大白话就是：小白可能还不知道看哪个结果...

sccontrol.assoc 

有“.assoc”这个后缀的文件就是关联分析结果啦！

好了，怎样看这个文件？

不要告诉我双击就好！（GWAS分析-说人话（3）打开文件）

其实重点是，我希望输出这个文件达到双击的目的，怎样做？

其实就是要后续分析啦，不是单纯为了看这个那么low的目的了。

sort -o

sort -o sort1.txt sccontrol.assoc 

获得：sort1.txt 文件（TXT！！！！！是不是很熟悉的面孔啊！）

右键Excel打开就好了～

看到这个P值栏，有没有很感动？！

Excel结果

这里就获得放进R或者python等作图工具的数据啦～

以上！～