ICAGES软件安装使用

1.简介

ICAGES是一款分析个体驱动基因的软件，由哥伦比亚大学的王凯教授及其团队发表。相较于其他的分析个体驱动基因的软件（dawnrank、Phen-Gen），icages只需要全外或者全基因组这一种数据类型。

2.安装

目前icages官网上提供的安装步骤是更新前的版本，有个别链接已经打不开了，需要的话可以到GitHub上面去下载，或者在GitHub上提问，或者联系作者，作者很负责，每封邮件都会回。

2.1 在GitHub上面下载最新版本的icages

tar -zxvf icages-(version).tar.gz
mv icages-(version) icages

2.2 安装需要的Perl模块（这一步需要root权限）

cpanm JSON
cpanm HTTP::Request
cpanm LWP

2.3 下载annovar

mv path-to-annovar/annovar/ ./bin/

2.4 下载并修改getDrugList.pl

mkdir ./bin/DGIdb
wget https://raw.github.com/genome/dgi-db/master/files/perl_example.pl 
mv  ./bin/DGIdb/perl_example.pl ./bin/DGIdb/getDrugList.pl
#chmod 755 getDrugList.pl（加上可执行权限）
#随后按照官网上面的指导对getDrugList.pl进行修改

2.5 下载vcftools

wget http://iweb.dl.sourceforge.net/project/vcftools/vcftools_0.1.12b.tar.gz
tar -zxvf vcftools_0.1.12b.tar.gz 
mv vcftools_0.1.12b/ vcftools/
rm vcftools_0.1.12b.tar.gz
cd vcftools
make

2.6 下载bedtools

wget https://codeload.github.com/arq5x/bedtools2/tar.gz/v2.25.0
tar -zxvf v2.25.0.tar.gz
mv bedtools2-2.25.0 bedtools
rm v2.25.0.tar.gz
cd bedtools
make

2.7 下载所需要的db files（这一步也就是上面提到的"icages官网中有个别链接打不开"）

#由于作者更新过icages，因此新版本所需要的db files和hg19 database 整合到一个压缩文件中
#在 /icages目录下进行如下操作
#如果需要其他版本的参考基因组，只需要改变hgNUM_db.tar.gz（大约20多个G），默认是hg19
wget http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/icages/hg19_db.tar.gz
tar -zxvf hg19_db.tar.gz

3. 使用说明

软件的使用说明官网上给的还是很详细，建议去看一下。

pathway to icages/icages.pl input.txt -p newname --outputdir newoutputdir

最后会生成一系列文件（最重要的是3个csv文件,每个csv文件中给出的信息，可以在文献中找到相应的解释）