全基因组复制分析（WGD）-4DTV值

1、4倍简并位点（fourfold degenerate site）

（1）如果密码子的某个位点上任何核苷酸都编码同样的氨基酸，则称这个位点为4倍简并位点。
（2）例如甘氨酸密码子（GGA, GGG, GGC, GGU）的第三个位点就是一个4倍简并位点，因为这个位点上所有的核苷酸替换（无论是A、G、U、C）都是同义的，即编码同一个氨基酸。

2、4DTV的定义

The 4DTv is calculated as the number of transversions at all four fold degenerate third codon positions divided by the number of fourfold degenerate third codon positions.
简单理解就是，4倍简并位点第三个核酸密码子的易位率。

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3、4DTV的生物学意义

共线性区段所包含的基因对的4DTV值可反映物种在进化史中的物种相对分化事件以及全基因组复制事件。

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其实，我的理解是，较多的基因对数存在4倍简并位点，说明基因组多样性较多，可能就是发生物种分化或者基因组复制事件。简单理解，就是变化巨大的过程。如果简并位点很平稳，那么可能这个物种一直没有大变化存在，一直处于一种平衡状态。
深入理解，还要结合文献，这里只是科普下。