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hisat2: gtf文件的转换

hisat2: gtf文件的转换

作者: LET149 | 来源:发表于2023-09-20 10:08 被阅读0次

正常的gtf文件不能直接被Hisat2使用,需要按hisat2的要求进行转换

1. 提取外显子

extract_exons.py inout.gtf > output.exon

2. 提取剪切位点

extract_splice_sites.py input.gtf > output.ss

3. 提取SNP(可选)

extract_snps.py input.snp > output.snp

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