正常的gtf文件不能直接被Hisat2使用，需要按hisat2的要求进行转换
1. 提取外显子
extract_exons.py inout.gtf > output.exon
2. 提取剪切位点
extract_splice_sites.py input.gtf > output.ss
3. 提取SNP（可选）
extract_snps.py input.snp > output.snp
extract_exons.py inout.gtf > output.exon
extract_splice_sites.py input.gtf > output.ss
extract_snps.py input.snp > output.snp
1、gff文件转换gffread：将gff文件转换为gtfgtfToGenePred：将gtf转换为GenePre...
gffread 不仅可以实现GTF与GFF的互相转换，而且还可以对GFF文件进行过滤处理。可以直接读取GTF文件。...
首先将基因组gtf文件转换为bed： perl /media/shen/disk3/biosoft/gtf2bed...
参考自 https://www.biostars.org/p/64346/[https://www.biostar...
适用于 NCBI 数据库中 gff 格式文件转换为 gtf 格式，使用 perl 代码实现：
用gffread进行转换 1.gff格式转gtf 2.gtf转gff
做测序数据分析的时候经常需要将gff格式的注释文件转换成gtf格式的文件。今天小编就给大家介绍一个工具，gffre...
GFF文件与GFF文件来源 1.1 GFF文件来源 1.1 GTF文件来源 GFF文件与GTF文件格式 2.1 ...
基因组注释文件GTF/GFF格式的介绍 GFF 2 -> GTF -> GFF 3 The GTF ...
因为我用的GTF文件较新，为realease101版本，因此需要自己生成转换文件需要的TxDb文件，首先需要安装G...
本文标题：hisat2: gtf文件的转换
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ppqacktx.html
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