Cre-Lox重组是一种用于在细胞DNA的特定位点上进行删除、插入、转座和倒位操作的位点特异性重组酶技术，其特点在于可以让DNA修改对指定的特定细胞群进行，或是使修改过程由特定的外部刺激所触发。此技术对真核和原核细胞都适用。特别地，对研究由各种复杂细胞和神经通路复合而形成认知行为的大脑的神经生物学家而言，这种技术已被证明是相当实用的。
这个重组体系由单个酶组成，即可以让一对被称为Lox序列的短目标序列进行重组的Cre重组酶，除此之外不需要插入其他的额外蛋白或序列。Cre重组酶和源Lox序列（即LoxP序列）是从P1噬菌体中获取的。
通过合适地插入Lox序列可以使特定基因活化、沉默或者和其他基因交换位置——在DNA的层面上，许多操作都可以进行。Cre酶的活性可控，可以使之只在一种特定细胞类型中表达，也可以使之由特定的外部刺激（如化学信号、热刺激）触发表达。这些特异性DNA修饰对细胞系追踪以及有致命性的突变研究十分有效。
Cre-Lox重组系统在操作和用途上都与FLP-FRT重组系统十分相似。
- Cre/LoxP重组系统诱导基因重组的方式
Cre/LoxP系统存在几种诱导重组的方式，这是基于Cre重组酶与loxP位点的相互作用而实现的。
当基因组内存在loxP位点时，一旦有Cre重组酶，便会结合到loxP位点两端的反向重复序列区形成二聚体。此二聚体与其他loxP位点的二聚体结合，进而形成四聚体。随后，loxP位点之间的DNA被Cre重组酶切下，切口在DNA连接酶的作用下重新连接。重组的结果取决于loxP位点的位置和方向。主要存在几下几种重组方式：
（1） 两个loxP位点位于同一条DNA链上且方向相同，Cre重组酶敲除loxP间的序列；
（2） 两个loxP位点位于同一条DNA链上且方向相反，Cre重组酶诱导loxP间的序列翻转；
（3） 两个loxP位点位于不同的DNA链或染色体上，Cre重组酶诱导两条DNA链发生交换或染色体易位；
（4） 四个loxP位点分别位于两条DNA链或染色体上，Cre重组酶诱导loxP间的序列互换。
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