samtools faidx

samtools faidx 命令处理fasta序列

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列

用法：

samtools faidx input.fa

该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的长度必须相同,

one
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
ATGCAT
two another chromosome
ATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGC

最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；

one 66 5 30 31
two 28 98 14 15

第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；

第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp；

第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；

第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；

第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；

提取序列：

samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa

samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa