1.调查内容。基线水平信息包括调查区域和补偿性恢复备选区域的环境介质、生物、生态服务功能等表征指标的基线水平。污染源信息包括造成调查区域生态环境损害的所有污染源数量、位置、污染排放情况、特征污染物种类、排放量、排放浓度和填埋情况等信息。环境质量信息包括调查区域和补偿性恢复备选区域的大气、地表水、沉积物、土壤、地下水、海洋海水等环境介质的质量现状、污染分布情况、污染物浓度水平等信息。生物信息包括调查区域和补偿性恢复备选区域的植物群落建群种、分布面积、密度、冠幅、郁闭度、生物量、是否有保护物种分布和保护物种的级别、植物群落的受损程度，以及主要动物物种密度、出生率、死亡率、繁殖率、生境、是否有保护物种分布和保护物种的级别、动物的受损程度等情况。生态服务功能信息包括生态服务功能类型和受损程度。受损程度通常用生态系统面积、生物量或初级生产力来表征，必要情况下，也可以用固碳量、释氧量、水源涵养量等生态服务实物量来表征。生态环境恢复措施与费用信息包括为恢复生态环境功能及其服务水平所采取的基本恢复、补偿性恢复和补充性恢复等措施及相关费用，以及为采取行动发生的监测、调查和维护费用。生态环境恢复效果信息包括实施恢复的环境介质、生物、生态系统的恢复情况，恢复行动实施期间的二次污染情况，公众满意度情况等用于评价生态环境恢复措施是否达到预期目标、是否需要开展补充性恢复的信息。
2.调查方法。系统调查阶段的调查方法主要包括资料搜集与分析、现场踏勘、人员访谈、环境监测、问卷调查、样带样方调查。系统调查阶段的资料搜集与分析是在初步调查阶段的基础上，根据评估需求，进行针对性的信息搜集、核实和补充，并对生态环境损害鉴定评估资料清单进行补充。
3.调查要求。基线水平调查，通过查阅相关历史档案或文献资料，获得调查区域环境质量、生物种类和数量、生态服务功能等表征指标的基线水平；选取对照区域，开展环境质量、生物数量、生态服务功能等的相关调查和监测工作；可参考适用的国家或地方环境质量标准或环境基准确定基线；必要时开展基线水平的专项研究。污染源调查，可按照固定污染源监测质量保证与质量控制技术规范执行。环境质量调查，环境质量调查主要通过环境监测手段，开展现场采样、分析检测、质量控制和判断评价等工作。应针对污染类型、污染物性质和生态环境损害评估的需求制定环境质量调查工作方案；环境质量调查中，应合理选择有代表性的检测项目，包括由污染源直接排入环境的一次污染物、一次污染物进入环境转化生成的二次污染物、在污染清理过程中引入的污染物、能影响上述特征污染物环境行为的理化指标、可能对特征污染物检测结果产生干扰的理化指标等项目；对于大气、地表水、土壤、地下水、固体废物、海洋等环境监测方案和标准规范，优先选择国家标准或国家环境保护标准；无该类标准的，可参照执行行业或地方标准；国内无标准的，可参照国外相关适用性标准或专家认可的技术方法。突发环境事件的调查和监测按照突发环境事件应急监测技术规范执行；对于矿区等特大生态环境损害区域调查、地下溶洞等复杂条件生态环境损害调查等无相关技术导则的情况，调查人员应根据专业知识和经验，结合调查区域特点设计采样监测方案；调查人员应填写现场采样记录表。生物调查，包括生物多样性和生物毒性的调查，调查人员应填写生物现场调查表。生态服务功能调查，根据生态系统类型确定调查项目；对于无技术规范的情况，调查人员应根据专业知识和经验进行信息的搜集。调查人员应填写生态服务功能调查表。生态环境恢复措施与费用调查，生态环境恢复方案筛选调查，应调查搜集备选方案的实施费用、监测维护费用、恢复时间、经济社会效益、技术可行性、是否造成二次污染等信息；对于污染清理和恢复措施已经完成或正在进行的，搜集实际发生的费用信息，并对实际发生费用的合理性进行判断核实；对于恢复措施尚未开展的，应按照国家工程投资估算的规定搜集备选恢复方案的相关费用信息，必要时应开展专项研究；对于无法恢复而采用环境价值评估方法评估生态环境损害的，应根据具体的环境价值评估方法的需求搜集相关资料和信息，必要时应开展专项研究；调查人员应填写污染清理与处置等费用调查表和生态环境恢复方案比选表；生态环境恢复效果调查，开展现场踏勘，制定生态环境恢复效果调查工作方案；对于已完成的生态环境恢复措施，应主要搜集实际实施的恢复方案、方案目标和二次污染情况等信息；对于需要开展补充性恢复的情况，应搜集补充性修复方案的实施费用、监测维护费用、恢复时间、经济社会效益、技术可行性、是否造成二次污染等信息；针对生态环境恢复措施和目标公众特点，设计恢复效果公众满意度调查表，开展公众满意度调查；参照生态环境损害鉴定评估调查报告的编制要求编写生态环境恢复效果调查报告。
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