首先要做好资料搜集与分析。
1.背景信息调查搜集。背景信息调查搜集的主要内容包括：调查区域的气候气象、地形地貌、水文地质等自然条件；调查区域及其周边地区的大气、地表水、沉积物、土壤、地下水、海水、海洋沉积物的历史和应急监测数据；调查区域内人口、交通、基础设施、经济、土地利用现状，居民区、饮用水水源地等敏感点信息，以及能源和水资源供给、消耗等信息；调查区域内主要产业构成的历史、现状和发展情况；调查区域内主要生物、矿产、能源等自然资源状况、开发利用方式和强度、自然资源调查监测结果等信息，以及主要厂矿和建筑物的分布情况。
2.基线信息调查搜集。基线信息调查搜集的主要内容包括：针对调查区域的专项调查、学术研究以及其他自然地理、生态环境状况等相关历史数据；针对与调查区域地理位置、气候条件、地形地貌、土地利用类型等类似的未受影响的对照区域，搜集区域的生态环境状况等数据；污染物的环境标准和环境基准；专项研究。
3.环境污染和生态破坏信息调查搜集。环境污染和生态破坏信息调查搜集的主要内容包括：污染源的数量、位置和周边情况等信息；污染排放时间、排放方式、排放去向和排放频率等信息； 污染源排放的特征污染物种类、排放量和排放浓度等信息；污染源排放的污染物进入外环境生成的次生污染物种类、数量和浓度等信息；林地、耕地、草地、湿地等生态系统自然状态以及野生动植物受到破坏或伤害的时间、方式和过程等信息。
4.受损生态环境质量信息调查搜集。受损生态环境质量信息调查搜集的主要内容包括：关于受损生态环境的文字与音像材料以及遥感影像、航拍图片等影像资料；受到影响的大气、地表水、沉积物、土壤、地下水、海洋海水等环境介质的质量变化；受到影响的植被、动物等生物的类型、结构和数量变化等情况；调查区域的历史环境污染、生态破坏的相关资料。
5.污染清理情况信息调查搜集。污染清理情况信息调查搜集的主要内容包括：污染清理的组织、工作过程、清理效果与二次污染物的产生情况等资料信息；污染清理的现场照片和录像等音像资料；污染物清理转运、物资投入和工程设施等信息；污染清理过程委托合同、票据等污染清理处置费用证明材料，以及相关主管部门监管证明材料等；其他与污染清理处置相关的材料。
6.资料分析。根据专业知识和经验识别资料中的错误和不合理信息，对于不完整、不确定信息应在报告中说明。
其次要做好现场踏勘。根据生态环境损害具体情况和生态环境损害评估需求，开展现场踏勘，并填写现场踏勘记录表。
1.现场踏勘范围。对污染环境行为造成的生态环境损害，以污染源、污染物的迁移途径、受损生态环境所在区域为主要踏勘范围；对破坏生态行为造成的生态环境损害，以受损或退化的生物所在区域和生态系统为主要踏勘范围。
2.现场踏勘的内容和方法。现场踏勘的工作内容可包括：污染源。造成污染的各种来源，如化学品的生产、使用、贮存情况，污染物非法倾倒、事故排放、临时堆放泄漏情况，以及安全和交通事故、自然原因造成的污染物泄漏等状况；迁移途径。污染物在环境界面的物质交换及长距离迁移，如污染物在土壤-大气、土壤-地表水、 土壤-地下水，地表水-沉积物等界面的物质交换过程；以及污染物在大气、地表水、地下水等介质中迁移、扩散、转化以及长距离运输的过程；受损环境情况。由污染造成的大气、地表水、沉积物、土壤和地下水环境影响范围、影响程度和潜在影响区域；区域状况及环境敏感点。区域土地利用类型以及可能影响污染物迁移扩散的构筑物、沟渠、河道、地下管网和渗坑等要素，区域水文地质、地形地貌等自然状况，居民区、饮用水水源地、自然保护区、风景名胜区、世界文化和自然遗产地等周边区域环境敏感点；生物的动态变化情况。观察调查区域内植物群落的类型、群落的层次结构，动物种群的结构特征、行为特征和栖息地的情况，着重识别调查区域的指示物种，以及指示物种的生物学、生态学和生境特征及其变化情况；生态系统。对于森林生态系统，分层（乔木层、灌木层和草本层）进行踏勘观测；对于湿地生态系统，主要关注湿地的类型，其所在的水系和区域流域的水文情况，地表和地下水水位的时空分布以及动态变化，湿地植被、水生生物、鸟类等湿地生物物种组成、分布与数量变化情况；对于草地生态系统，主要关注草地群落组成和草地退化情况；对于荒漠生态系统，主要关注主导风向、风速以及地下水系的情况；对于农田生态系统，着重调查传粉昆虫种群动态、农作物的产量和轮作情况，病虫害的类型、爆发时间和防治措施等情况；对于海洋与海岸带生态系统，主要关注海洋水文动力变化情况、海岸线占用情况、海洋生物物种组成、分布与数量变化情况；对于陆地生态系统，还需要关注土壤破坏状况，重点调查土壤损害量、土壤压实度、含水率、有机质含量、养分元素含量（氮磷钾等）等理化性质指标；现场踏勘过程中对调查区域的大气、地表水、沉积物、土壤、地下水、海洋海水和生物等样品的检测以现场快速检测为主，同时可以根据相关规范保存部分样品，以备复查；现场踏勘过程中，应以视频方式对关键环节进行记录。视频录制应配有语言描述，说明项目名称、调查人员、位置、时间、调查目的、拍摄和移动方向、天气、地貌、环境污染或生态破坏情况等。
3.安全防护准备。在现场踏勘前，根据现场的具体情况采取相应的防护措施，装备必要的防护用品。
再者是做好人员访谈。调查人员可采取面谈、电话交流、电子或书面调查表等方式，对现场状况或历史的知情人，包括当地政府与相关行政主管部门的人员、相关领域专家、企业或场地所有者、熟悉现场的第三方、实际或潜在受害人员进行访谈，补充相关信息，考证已有资料。调查人员应填写人员访谈记录表。
最后是做好初步调查总结。应该初步明确污染源的位置、类型、污染物排放量和排放浓度，生物和生态系统损害的表现和强度，初步确定生态环境损害的类型、范围和程度，并对系统调查提出建议。
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