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课前准备---空转共定位分析python封装版(细胞类型、配受体

课前准备---空转共定位分析python封装版(细胞类型、配受体

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2024-07-10 13:57 被阅读0次

作者,Evil Genius

空间转录组的共定位分析已经成了空转分析的必修课了。我们需要如下几种的共定位分析

细胞---细胞
细胞---通路
细胞---TF因子
配受体共定位
一个课题或者项目的分析都是环环相扣的。

我们就需要一个脚本来帮我们实现以上分析,拿到如下的可视化结果





以及背后的矩阵信息。

首先我们需要准备好文件,python版本的h5ad文件,注意要做了cell2location。

封装脚本完整版如下

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