plink安装及基础用法

plink是由哈佛大学开发的一个免费、开源的全基因组关联分析软件，功能非常强大。基础的文件格式转换、质量控制，到需要大量运算的群体分层分析、连锁不平衡计算、单体型构建等，都可以通过plink完成。
详细的说明书可以查阅官方网站：
http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/
这里只介绍一些我在GWAS中运用到plink的地方。

1.下载及安装

1.1 下载地址

可以根据自己电脑的系统，选择合适的版本下载
http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/download.shtml#download

1.2 安装

cd /gss1/home/fzhang/sunwei
unzip plink_linux_x86_64_20190215.zip
cd /gss1/home/fzhang/sunwei/plink1.9

1.3 运行

./plink

2. 基础用法

2.1 plink转vcf格式为bed

./plink --vcf root.hic.id.vcf --make-bed --out root.hic.id --allow-extra-chr

--allow-extra-chr 允许其他染色体，比如scaffold

2.2 plink转vcf格式为ped

scaffold序列用vcftools转会丢失数据，所以选择plink1.9

输出结果为碱基ATCG

./plink --vcf root.hic.id.vcf --allow-extra-chr --recode --out root.hic.id

当文件太大时，可以将结果输出为二进制文件

./plink --vcf root.hic.id.vcf --allow-extra-chr --recode12 --out root12.hic.id --autosome-num 27

--autosome-num 设置染色体数目，plink默认输入数据是人类数据，当输入的染色体数目大于23条时，会出现报错，需要设置数目，这里按我做的物种设置为27。

2.3 其他功能

由于plink十分强大，这里不再赘述，其他的功能会在我GWAS分析过程中，使用到plink时继续介绍，详见GWAS的系列文章中，这样更加方便系统理解。

以上内容为个人粗浅的理解，欢迎讨论，如有错误，也敬请指出。引用请注明出处。