2023-07-18脚本注释与基因组组装

test_CPU_speed.pl:查看cpu状态
genome_statistic.pl:统计基因组序列信息
genome_rmFPsequences_by_depth.pl:去除测序深度异常低的假阳性序列
genome_filter_bacteria_genome_seqs.pl:去除细菌污染序列
run_purge_dups.pl:使用purge_dups去除重复序列

image.png
image.png

cal_seq_length.pl # 统计序列长度
genome_seq_clear.pl #将序列从长到短排列，并进行重命名，去掉长度较短的序列，每行碱基长度60bp
merge_repeatMasker_out.pl # 将 repeatMasker 和 repeatModeler 的统计结果合并
misa.pl # 使用 MISA 进行 SSR 检测
misa_primer3.pl# 使用 primer3 进行引物批量设计

01、基因组组装
质控 fastp
基因组大小评估
GCE_CCS
genomoscop_CCS
组装hifiasm
screen -S hifiasm
去除测序深度异常低的假阳性序列 genome_rmFPsequences_by_depth.pl