BEDOPS是转化文件为bed文件的神器，安装方法见官网
我这边的HPC有点问题，得自己设置环境变量如下
ml bedops
module display bedops #check the file path
path=/usr/local/apps/bedops/2.4.37/bin
export PATH=$PATH:${path}
1、gtf2bed
Genecod 的GTF文件得改造一下
参考这个
cat gencode.v32.annotation.gtf | grep transcript_id | grep gene_id | convert2bed --do-not-sort --input=gtf - > gencode.v32.annotation.bed
#或者使用gtf2bed
2、vcf2bed
ls *.vcf | while read i ;
do
vcf2bed < ${i} >${bed_dir}/${i%.vcf*}.bed
done
BEDOPS是转化文件为bed文件的神器，安装方法见官网我这边的HPC有点问题，得自己设置环境变量如下 1、gtf...
参考文章一参考文章二bedops我的批处理代码需要安装bedops，安装过程见官网或者使用conda
https://bedops.readthedocs.io/en/latest/index.html[https:...
https://bedops.readthedocs.io/en/latest/content/overview....
bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 ...
下载地址使用说明
1.脚本调用bedtools 按照bin进行统计重复序列密度，调用bedtools merge： bedtools...
bedops可以将gtf较为方便转化为bed文件，但是对在igv中展示基因结构不太适合采用如下python代码可以...
参考地址 鉴于某信经常抽风，屏蔽连接的尿性。所有资料，我都是自己粘过来。不然有时候，点回去只能是空链接。 数据格式...
我经常和别人说 50% 高通量数据的后期分析概括一下都是各种位置之间的统计计算，因为但凡分析有参数据就会把所有信息...
本文标题：BEDOPS使用
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/snlwgctx.html
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