import sys

1. 命令行传参

• sys.argv
sys.argv[0]: 脚本名
  sys.argv[1]: 第1个参数
  ...

$ cat test2.py
import sys

USAGE = "USAGE: python3 {0} input output".format(sys.argv[0])

print("\n" + USAGE)

input = sys.argv[1]

print("\nThe input file is " + input)

$ python3 test2.py INPUTFILE

USAGE: python3 test2.py input output

The input file is INPUTFILE

2. 程序控制

• sys.exit(n): 退出程序

3. 标准输入、输出和错误

• sys.stdin: 标准输入，可以使Python程序读取来自管道的信息
  sys.stdin.readline()
• sys.stout: 标准输出
  sys.stout.write()
• sys.stderr: 标准错误
  可以利用1>和2>将不同的输出定位到不同的文件

$ cat test.py
import sys

for i in sys.stdin:
    if i.startswith(">"):
        print(i.rstrip(), file=sys.stdout)
    else:
        print(i.rstrip(), file=sys.stderr)

$ cat a.fa
>gene1
ATCAGAGC
>gene2
CATCGGCAACC

$ cat a.fa | python3 test.py 1> geneid.txt 2> sequence.txt
$ cat geneid.txt
>gene1
>gene2
$ cat sequence.txt
ATCAGAGC
CATCGGCAACC

4. 查看信息

• sys.path: 查找模块所在目录
• sys.platform: 返回操作系统名称
• sys.version: 查看Python的版本信息
• sys.modules: 字典形式返回已经导入的模块

>>> sys.platform
'linux'
>>> sys.version
'3.8.5 (default, Sep  4 2020, 07:30:14) \n[GCC 7.3.0]'