TBtools进行GO富集分析

1、下载GOA文件，下载网址如下：
http://current.geneontology.org/annotations/index.html
2、下载人的文件，如图：

image.png

3、然后利用脚本选择你需要的列，脚本如下：

def main():
    """
    main function
    """
    f = open('goa_human.gaf', 'r')
    result = open('goa_human_result.txt', 'w')

    f_lines = f.readlines()
    for i in f_lines:
        i = i.strip()

        if 'ensembl:ENSMUSP' in i:
            i_list = i.split('\t')
            i_list_ensmbl = i_list[4:9]
            str_ensmbl = '\t'.join(i_list_ensmbl)
            result.write(str_ensmbl + '\n')


    f.close()
    result.close()

if __name__ == '__main__':
    main()

4、生成背景文件Human_GO_background.txt。将需要进行GO富集分析的基因整理成列表，下载go-basic.obo文件，直接点击保存即可，如图：

image.png

5、输入的背景数据格式Human_GO_background.txt，如图：

image.png
6、输入的基因数据格式ITGB1_GO.txt，如图：
image.png