道光二十年（1840），第一次中英鸦片战争爆发。
六月初二，英军舰队从广东北上浙江，由于清军的腐败，一战便溃，英军一举攻占定海，又欲北犯大沽。此时魏源被署任两江总督的裕谦延揽入幕，并随他到了前方，还就定海守卫战提出过中肯的意见。但未被采纳，定海失守。
他还被友人邀至宁波军中，亲自审问英俘，根据供词并“旁采他闻”，写成《英吉利小记》，对英国的地理概况、物产税收、军队建制、岁饷、礼仪风俗等情况记叙，是介绍当时英国国情的一篇重要文献。
由于亲眼目睹了清军的腐败无能，自己又有志难伸，不由得对战局悲观失望，仅数月他便离军返家。但外国资本主义的侵略，更激发其爱国主义的激情，对清军失败的根源，英军胜利的所恃都进行了深入思考，并将其心情与思考融入其诗作之中，故此时所写诗文多为抨击清政府，反抗外国侵略的内容，悲愤沉郁，动人心魄。
战争是内政的试金石，中外古今都如此。鸦片战争彻底揭开了清政府的腐朽面目，经此，魏源的思想又有了新的发展，他开始对民众的力量与作用有所认识。其原因起于广州三元里乡民抗击英军的胜利。他们自发护卫家乡，将凶悍的英军围歼。魏源在其《夷艘寇海记》中记叙说：“夷兵至是乃日肆淫掠，与粤民结怨。及讲和次日，夷兵千馀自四方炮台回至泥城。于是，三元里民起倡义报复。号召各乡壮勇，云集枪械，四面设伏，截其归路。夷兵终日突围不出，死者二百，殪其渠帅曰伯麦、曰霞华。”
清军及官吏畏洋如虎，每战必败。被视为群氓的乡民却敢战必胜，这令魏源刮目相看，开始改变士大夫轻视民众的观念，认识到民众的力量，倡为“义民可用”之说。后来在高邮任上，他对太平天国有同情心，以致被人劾为通贼，其思想根源，都应出于此。
亲身经历了第一次鸦片战争，目睹其失败，给了魏源以极大刺激。他除将自己的感情和思考寄寓于诗作外，开始了《圣武记》和《海国图志》的写作，为战胜西方武篇又分为城守、水守、防苗、军政、军储五篇。从篇目的设置，内容的择取，表明魏源革新政治，去弊立新的经世目光，已从盐政、漕运、水利、农事等扩展到外交、军事、防卫等救国急务之上。
这本书是他怀着沉痛的心情写完的。他在《圣武记叙》中说：“海警沓至，忔然触其中之所积，乃尽发其椟藏，棑比经纬，驰骋往复，先出其专涉兵事及尝所论议若干篇，为十有四卷，统四十馀万言，告成于海夷就款江宁之月。”他特别表明此书写作时是“海警沓至”，写成时中英正签订割地赔款的《江宁条约》。这就昭告世人，他此书就是为抗击西方侵略而发愤撰成的。他要总结清朝历代武功强盛的经验，为去时弊提供借鉴。从全书的内容看，他的这一宗旨得到了较好的体现。
他认为鸦片战争的失败，虽有败于外国侵略者船坚炮利的因素，但根本原因，在于内政腐败所造成的国力衰弱，军无斗志，官吏无能。所以欲强兵必先富民强国；而要走富强之路，首先在革除选人用人的腐败，选拔被腐败所摒弃的出色人才。
他在《圣武记叙》中说：“今夫财用不足，国非贫，人材不竞之谓贫；令不行于海外，国非羸，令不行于境内之谓羸。故先王不患财用而惟亟人材，不忧不逞志于四夷，而忧不逞志于四境。官无不材，则国桢富；境无废令，则国柄强。桢富柄强，则以之诘奸，奸不处；以之治财，财不蠹；以之蒐器，器不窳；以之练士，士无虚伍。如是，何患于四夷，何忧乎御侮！斯之谓折冲于樽俎。”
魏源为实现总结清朝兴衰的经验，为提高军队抵抗外来侵略的能力作借鉴的思想，《圣武记》详记清代开国、平定三藩和为平定吴三桂反叛，扩大疆域、统一国家所进行的战争。肯定康、雍、乾三朝革新图强，能“战胜于庙堂”即战争胜负取决于朝廷的正确决定，让人懂得今天反侵略也要做到这点。在记叙武功全盛时期之后，又记录了嘉庆以来苗民、白莲教、天理教造反的发生和平定。将清朝盛衰大势一一记叙，特别指出乾隆末年是清朝由盛转衰的转折点，有许多教训应当吸取，而当今面临的历代王朝灭亡前夕所出现的“川壅必溃”的形势，更宜高度警惕。这便使该书有了治世的指导作用。
为达到警醒世人，吸取教训之目的，他秉笔直书，有感而发。如在卷二《康熙戡定三藩记》中赞扬康熙在国力未强时为维护国家统一敢于斗争，敢于拍板，指挥若定的精神，他说，读《平定三逆方略》，“而知其战胜于庙堂者数端……自古及今，或以殷忧启发，或以道谋溃成。庙算不定，而大难克削者，未之前闻”。“庙算不定”云云，实际是在批评道光皇帝在鸦片战争时的胸无定算，举棋不定，输个干净。书中写康、雍、乾三朝武功之盛，是为了映托嘉道时武功之衰，从盛衰对照中自然就揭示出鸦片战争失败的根源所在，启发人们去改革现实政治。可见此书不仅是一部探究清朝盛衰之由，兴替之渐的当代史著作，也是讲求拨乱反正和匡时之策的政治宏论。
《圣武记》不仅从政治方面总结鸦片战争失败的教训，还从经济方面找原因。在《军储篇》中，他指出鸦片入口是造成银钱外流，国力衰弱的重要原因。但鸦片战争失败，禁烟已无可能，“除弊”既无法，只有走“兴利”的道路。他提出三个“兴利”的主张。一是允许民间开采银矿以“浚银之源”；二是“仿铸西洋之银钱”以“利民用”、“抑番饼”的币制改革；三是提出学习西方国家的先进技术，“洞悉夷情”，“师夷长技”，“以彼长技，御彼长技，此自古以夷攻夷之上策”（《圣武记》卷十四《军政篇》）。虽然他还把学习西方先进技术来对付西方的入侵说成是古已有之的“以夷制夷”，以减少实行之阻力，且只停留在技术层面，显得太过肤浅，但它是中国历史上第一次认识到向西方学习先进技术的必要，具有开创性的意义。魏源提出的三个“兴利”的主张，说明他已从过去的除弊即是兴利的经济思想中走出，开始形成积极发展经济以富民强国的理念，这对近代中国经济学是一种贡献。
如果说《圣武记》所反映的是魏源的一种传统的除弊兴利经世思想，仍在中国历史中纵向地寻求富民强国的方法以救国的话，那么《海国图志》则是中国人开始放眼世界，以开放的思想，从横向，即从被中国鄙视为“夷”的西方国家寻求富国强民方法以救国的第一本书。
《海国图志》完成于道光二十二年，且“时夷舰出江甫逾三月也”，表明魏源此书亦是受第一次鸦片战争失败的刺激，为寻求救国救民、富民强国之路的发愤之作。
《海国图志》是鸦片战争后中国人自编的一部最为详备的世界各国百科全书式的书。它以编排文献资料，酌加按语的方式，将世界各国的历史、地理、政治、经济、军事、科技、宗教和民俗文化进行了全面介绍。这于当时闭关锁国，鄙视外国，对其所知甚少的国人来说，确实是第一部睁眼看世界的奇书，故书一刻成，即风行海内，在知识界产生了很大影响。梁启超说：“鸦片战役后，则有魏默深《海国图志》百卷……中国士大夫之稍有世界地理知识，实自此始。”（《梁启超论清学史二种》，复旦大学出版社1985年版，第467页）
从一定意义上来说，魏源编纂此书，是在完成林则徐的嘱托。林则徐在遣戍新疆时途经镇江，与魏源在此话别，并把自己在广州为了解西方各国而主持翻译的《四洲志》约九万字的资料托付给了魏源，希望他广搜资料，编纂一部可让中国人看到一个真实世界的书。魏源不负重托，他以《四洲志》为基础，将当时他已搜集的和朋友们帮助搜集的其他史志文献资料，及自撰的多篇论文扩编而成。其中最有价值的属置于全书之首魏源自撰的《筹海篇》及全书的叙言。
在《海国图志叙》他明确提出该书的宗旨：“是书何以作？曰：为以夷攻夷而作，为师夷长技以制夷而作。”自孔夫子开始，便将华夷之辨当成爱国或卖国的一条标准。对外国即夷狄等只能攘而不能学。现在魏源敢冒天下之大不韪，提出要“师夷”，尽管这只是指第一次鸦片战争后人们已看到的船坚炮利的“长技”，并且是为“制夷而作”，这在闭关锁国，妄自尊大的国人看来，也是石破天惊般骇人之言。这表明魏源的经世思想已经超越了同时代所有的人，站在了时代的最高峰。它具有开放性、包容性，因而也具有了先进性。但应看到，它是两次鸦片战争失败留给中国人心理阴影的反映，带有一种不健康的心理因素，“师夷长技以制夷”，学习西方是为了打败西方，而且总是公开鼓吹，影响到中国人具有一种仇洋灭洋心理。
其《筹海篇》则是魏源在第一次鸦片战争失败后为国人反侵略战争所作的战略反思和战术研究。在“议守”上下二节中，他提出与夷人作战，首在能守。英人虽船坚炮利，我若能扬长避短以自守，利用地利、民气，防守得宜，竭智共攻，并“调客兵不如练土兵”，即土生土长的老百姓，发挥他们与当地民众关系密切的长处，就一定能打败英国侵略者，这是他“义民可用”思想的发展。
在“议战”一节中他提出：“攻夷之策二，曰调夷之仇国以攻夷，师夷之长技以制夷。”即要利用西方各国之间由利益不同而产生的矛盾来战胜主要的敌国。这是一种崭新的外交斗争策略思想，只要善于运用，则必收不战而胜的功效。
魏源还明确指出制夷的步骤，界定应师之夷之长技：“未款之前，则宜以夷制夷；既款之后，则宜师夷长技以制夷。夷之长技三：一战舰，二火器，三养兵练兵之法。”后来的洋务派就是从这三个方面去向洋人学习的。虽然这还停留在技术层面的学习上，但在当时，魏源能明确地指出夷之长技所在，是需要勇气和眼光的。因为鸦片战争刚刚失败，你竟敢说夷人有三长技，这不会被人视为美化敌国的卖国言论吗？他能把被传统中国文化斥为坏人心术的“奇技淫巧”，即西方工艺技术是“有用之物，即奇技而非淫巧”，指出国人只要“因其所长而用之，即因其所长而制之”，“风气日开，智慧日出，方见东海之民犹西海之民”，中国人胜于西洋人的景况便指日可待，这是颇其胆识的。
总之，魏源在《海国图志》中就如何有效地开展反侵略战争提出了系统的意见，其中依靠民众力量保土卫家以抗击外来侵略的思想颇有亮色，已进入到近代思想范畴。其“师夷长技以制夷”的思想，更是成为近代中国打破闭关锁国观念的有效思想武器，帮助中国人逐步走向世界。这是魏源经世思想中最具创意的最大亮点，为中国的富强找到了一条新路。由于该书有如此亮色，故一经出版，即大受士人追捧，大为畅销。此书在京重刻，京中要人纷纷购买。
道光二十四年（1844），五十四岁的魏源又一次参加会试，希望“或就彭泽一令，或作柳州司马”。
他这次的八股文以文理会通，且气势沉雄，被房师批为有“劲扫千军，倒倾三峡”（顾廷龙主编《清代朱卷集成》第十三册，页371）之概，且行文格式均无疵瑕，中规合矩而被取为会试第十九名。谁知在试卷磨勘时，发现了草稿模糊的问题而罚停殿试一科。
幸亏第二年开了乙巳（1845）万寿恩科，魏源只等了一年便参加了会试。结果，又因字不属馆阁体，又被列为三等上，中了第三甲第九十三名。中进士后，他认为“今日史官以蝇头小楷、俳体八韵为报国华国之极事，源厕其间，何以为情？不若民社之差为近实耳”（《道光宝庆府志》卷一〇二《与邓显鹤书》），不愿留京，便以知州分发到江苏，开始了他的经世实践生活。先后担任过扬州府东台县知县，兴化县知县、淮北海州分司运判、高邮州知州。
在州县官任上，他整顿吏治，惩办奸恶，加快诉讼审理，治理狱政，兴修水利，建造河堤，兴建学校，干了不少有利于民生的好事，受到百姓的爱戴，死后兴化人民把他附祀于范仲淹的祠堂。但他的所作所为，没有超出一个“循令”的范围，没有推行他所期望、鼓吹的吏治、社会改革。这是因为他官小权轻，根本无力推行改革，反而动辄获惩。太平军打到江苏，由于他内心对被腐败政治逼反的造反者心存同情，对其攻城略地持观望态度，故在高邮知州任上，他对各地上报的军情，有关太平军的情况，以及清军防守危急的军情没有及时上报，反而把清军官员的急递予以退回。此事被上级发现，以“玩视军务”、“极力阻兵”，甚至同情太平军的罪名上奏折弹劾他，咸丰帝下令将魏源革职。后因其大力镇压捻军而得以恢复高邮知州之职。
但此时的魏源已看透了世事，知道积重难返，社会改革根本不可能，自己人微言轻，动辄招祸，不可能有所作为。而他曾抱有同情心而对其所作所为持观望态度的太平天国，虽名为拜上帝，却也是一当权即等级森严，大搞腐化，根本不可能出现他在《海国图志》中即已表示向往，在香港、澳门曾亲身见闻的资产阶级议会民主制，反而使东南半壁江山陷入严重的战乱之中，人民生不如死。于是，他经世的理想完全破灭了，感到“一切有力，皆不足恃”（周贻朴《愿刻净土四经叙》），认为“王道经世，佛道出世”，王道既失，便只得潜心佛道。于是，他晚年便一心向佛，潜心于净土宗的经典之中，寻求心灵解脱，并写出“利舵名帆日夜牵，水行争似陆行便。虽然生死由天定，毕竟多翻浪里船”（《叹救生船》）这样看破红尘的诗句。不过，他还在从事史学研究，编纂了《元史新编》九十五卷。
咸丰七年（1857）三月初一，魏源病逝于杭州僧舍。
魏源是湖南在王夫之之后学识最为渊博，且又屡开学术新风的思想家、学者，是湘学重镇，也是晚清具有国际影响的第一流学术大师。他一生以通经致用为终极追求，以发掘“古”经真蕴，融和汉宋之学，从今古文微言大义中寻找变革现实的理论依据，推动社会改革，最后发展到主张向西方学习科学技术以强国，在当时起着振聋发聩的作用，对晚清经世学风的形成和洋务运动的兴起有着重要影响。他终身都在为经世图强而不辍著述，其传世及失传著作、编纂之书达四十三种之多。因其经世与改革、开眼看世界的思想都体现在其著述之中，故其书曾风行一时，有的远销日本。后世研究他的著作文章也汗牛充栋，说明其思想的现实价值。
魏源学术思想可分为经学思想与经世思想两个方面。分析其思想的形成，又可分为中举之前与道光二年（1822）中举之后六赴会试两个阶段。中举之前，是他以程朱理学为根本，开始融和汉学，树立通经致用的传统经世理念时期，体现了湘学向近代转型的开始。中举之后至道光二十四年（1844）会试中式为其学术的第二阶段。这是其经世致用思想由传统的通经致用向社会改革、学习西方的强国之梦转化并登上时代思想高峰的时期。这一时期，他编辑了《皇朝经世文编》并在《海国图制》中提出“师夷长技以制夷”，使其经世理念引进了近代西方文化的元素而成为晚清经世派第一人，连眼高于顶，于人少加许可的左宗棠在《陶少云书》中也说：“道光朝，讲经世之学者，推默深与定庵。实则龚博而不精，不如魏之切实而有条理。近料理新疆诸务，益叹魏子所见之伟为不可及。”（《左宗棠全集》第十二册《书信三》，页596）因为魏源通过漕粮海运、创行票盐、兴修水利、治理江河等经世实践来实现其经世思想与方法，在实践又丰富积拓展了他的经世理论。所以郭嵩焘说：“默深先生喜经世之学。其为学淹博贯通，无所不窥，而务出己意，耻蹈前人。”（《魏源集》，页846）在“淹博贯通”的基础上，中西“无所不窥”，然后“务出己意”，进行学术创新，这是魏源经世思想成熟的标志。
魏源自小为科举而熟读、精研《四书》、《五经》，对八股文写作必须遵从的程朱理学由熟悉到尊崇，形成了他以程朱理学为根本的经学思想，如他始终坚持程朱将“道”视为万事万物本源的思想，并认为“道”是支配“器”的。直到他考中举人，对程朱理学已烂熟于胸，古文、八股文写作均挥洒自如之后，方才集中精力对今文经学的研究。但其方法仍为理学家之“求微言大义”，不取汉儒的训诂考据，其思想则融和汉宋，以宋为主。魏源研究今文经学，先是他看中《公羊学》的“三世说”和“三统说”（新朝必须改正朔，易服色，制礼乐，尤重正朔）可为改革提供理论依据，后将其扩展到《诗》、《书》的今文经学研究，其目的则是要通经以致用。
魏源的经世思想的来源有三：
一是自小攻读儒家经典，其中寓有“治国齐家平天下”的经世主张，被他接受；
二是师友的影响，特别是陶澍、龚自珍、林则徐、包世臣等经世派学者的思想对他的熏陶更大；
三是黑暗现实对他的触动。他在《默觚下·治篇一》中说：“王道至纤至悉，井牧、徭役、兵赋，皆性命之精微流行其间。使其口心性，躬礼义，动言万物一体，而民瘼之不求，吏治之不习，国计边防之不问；一旦与人家国，上不足制国用，外不足靖疆圉，下不足苏民困，举平日天下胞与民物之空谈，至此无一事可效诸民物，天下亦安用此无用之王道哉？”（《魏源集》，页36）
他还在此文中指出，当时的科举诠选制度所培养选出的官员，“释褐登朝十馀年，而试文衡，试言职，试枢密，无非衡书艺之工敏，声律骈偶之巧丽，罔知朝章国故为何物，其部曹观政，无非胥吏文例是求，罔知漕、盐、河、兵得失何在”（《魏源集·明代食兵二政录叙》，页165）。目睹如此黑暗之现实，爱国爱民的魏源治学之路便开始改变，走上由治经到通经，由通经到经世的渐变之路。《皇明经世文编》的编辑使他传统的经世理论趋于成熟，显现出学术研究必联系现实，解决时弊的特点。
《海国图志》中提出的“师夷长技以制夷”思想标志魏源由传统的从经史典籍寻求改革依据与方略的做法的转变，也是他以兴利为改革要务思想之始。虽然还处于向西方学习“器物”的浅层次，但亦使他的经世思想得到升华，具备了近代特点，具有了惊世骇俗的启蒙作用，也使他占据了晚清经世思想的高峰。
古今中外，凡启蒙思想家的命运总是具有悲剧性的，他们的思想不被当世人所理解甚至受到迫害。魏源也逃脱不了这种命运。他终于在孤独、凄凉中结束了一生。而其学术却在海外开花结果，百馀年后在中国本土才受到重视，这是中国社会的悲哀。
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