gffCompare鉴定新的转录本

官方文件
结果解读1
结果解读2
使用方法
对于nanopore的data推荐使用FLAIRCollapse 后的gtf数据,short reads 的方法网上随处可见。
我的例子

sinteractive --mem=16g
module load gffcompare #自行安装软件，这里我们服务器有这个软件
cd /your_data_dir/Novel_annotation/total
input_gtf=/your_data_dir/Collapse/human/All.human.isoforms.gtf
reference=/your_data_dir/gtf/gencode.v33.annotation.gtf

gffcompare -R -r ${reference} -o All.human.isoforms.vs.v33_R ${input_gtf}
gffcompare  -r ${reference} -o All.human.isoforms.vs.v33 ${input_gtf}

cd /your_data_dir/Novel_annotation/single
gffcompare -R -r ${reference} /your_data_dir/Collapse/human1.human.isoforms.gtf \
                              /your_data_dir/Collapse/human2.human.isoforms.gtf \
                              /your_data_dir/Collapse/human3.human.isoforms.gtf \
                              /your_data_dir/Collapse/human5.human.isoforms.gtf \
                              /your_data_dir/Collapse/human6.human.isoforms.gtf \
                              /your_data_dir/Collapse/human7.human.isoforms.gtf