泰昌帝继位一个月即驾崩，成就了一个笑话，这时候的朝廷内党派纷争十分激烈，这就使得关于红丸案的议论甚嚣尘上，东林党借着这个时机清除异己。这些议论围绕着泰昌帝的死因展开各种各样的调查，这时候的方从哲、李可灼、崔文升等人皆成为众矢之的，均是东林党的进攻的目标。
吏部尚书张问达、户部尚书汪应蛟、礼部尚书孙慎行、左都御史邹元标，以及众多言官纷纷弹劾崔、李二人用药、进药错误之罪。
其中御史王安舜认为：“先帝之脉雄壮浮大，此三焦火动，面唇紫赤，满面升火，食粥烦躁。此满腹火结，宜清不宜助明矣。红铅乃妇人经水，阴中之阳，纯火之精也，而以投于虚火燥热之疹，几何不速亡逝乎！”
泰昌帝是服下红丸之后死的，可是偏偏方从哲就在泰昌帝死去的当天，拟遗旨赏了进献红丸的李可灼，这必然会引起了很多大臣的怀疑，御史王安弹劾方从哲“轻荐狂医”，“又赏之以自掩”仅从这里看，弹劾的十分到位。另外一个御史郭如楚，却从另外一个方面弹劾方从哲，说他不应该赏赐进药的李可灼。方从哲这种情形之下，焦头烂额，在众人攻击下，只得拟太子令旨，罚了李可灼一年的奉禄。
这年的十月，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：“从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。”
方从哲百口莫辩，只得请辞，于同年11月初致仕离京，黯然退出大明王朝的权力中心。
方从哲虽然远走江湖，但是，树欲静而风不止，
御史郑宗周、南京太常寺少卿曹珍等人将这一事件与多年前的“梃击案”出于同一“奸谋”，这下好了，这些事情就这样偏偏连接在了一起，作为“梃击案”，当年的主角也是泰昌帝本人，如今，红丸案的主角也是“梃击案”，这就令人联想到了一些不该联想的东西。有人明确指出来，是有人要整死泰昌帝，这样的话，罪过可就大了，这可是谋逆之罪，可诛杀九族的罪过。
刑部主事王之宷更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。
这样一来，就导致方从哲离京后，依旧无法脱净干系，这时候的朝堂之上，要求严查红丸案的奏折不断。
直到有一天，继位的天启朱由校收到了方从哲从老家寄来的一封奏疏，疏中说：自己年老愚昧，未能阻止庸官进药，罪不容诛。为表示谢罪，愿乞削去官阶，以耄耋之身远流边疆，以平朝臣之怨。
方从哲这一招以退为进一时之间，博得许多人的同情，这时，许多大臣为他开脱，天启帝也被方从哲的诚恳打动，但是真相未明，所以也一时难以决断。
这时，一直缄默无言的阁臣韩爌终于站出来说话了。他把当时目睹的一切事实都详细地说清楚了。特别是方从哲当时左右为难的情景，被描绘得十分具体。最后，韩爌提出，“红丸”一案纠缠了一年多，但真正置先皇于死地的崔文升和李可灼到现在也没有处置，这两人虽然乱用药物，但也确实是奉旨进药，可以适当惩处，红丸一案则不宜继续深究。
韩爌在万历年间就是个有名的老成之臣，居官十余年处事公正，很受群臣景仰，入阁后又一直陪伴方从哲料理进红丸之事，说出的话是可信的。所以他的奏折报上后，很快地使一场风波平息了下来。
不久，天启帝下旨问崔、李二人罪。
1622年（天启二年），明廷将崔文升发遣南京，李可灼遣戍边疆。“红丸”一案由于各派的争斗总算草草了解，但其中的疑点并没有弄清楚。后人为此曾进行过一系列的考证和争论，但最后也都没有结果。
泰昌帝的死是否与红丸有关依然是一个千古之谜。
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