一：安装

直接conda安装

conda create -c bioconda -n circos circos
conda activate circos
circos -V
circos -module

二. 准备配置文件

用vim karyotype.txt（核型文件）的配置，新增如下内容

chr - chr1 chr1 0 30427617 black
chr - chr2 chr2 0 19698289 red
chr - chr3 chr3 0 23459830 yellow
chr - chr4 chr4 0 18585056 blue
chr - chr5 chr5 0 26975502 grey

通用格式
chr - ID LABEL START END COLOR

karyotype 最简格式

• chr：表示线代表染色体
• -：定义parent structure，只有在有band时进行定义
• ID:the identifier used in data files
• LABEL:the text that will appear next to the ideogram on the image，with a species identifier
• The start and end values define the size of the chromosome.
• 注意：该处应该保存整个染色体的大小, 而不可以是只有想要展示的区域。

---

之后创建一个circos.conf文件，用于增加各类配置参数
vim circos.conf

  1 karyotype=karyotype.txt
  2 chromosomes_units = 100000
  3 chromosomes_display_default = yes
  4 <ideogram>
  5 <spacing>
  6 default = 0.005r
  7 </spacing>
  8 radius           = 0.80r
  9 thickness        = 6p
 10 fill             = yes
 11 stroke_color     = dgrey
 12 stroke_thickness = 2p
 13 </ideogram>
 14 
 15 <image>
 16 <<include etc/image.conf>>
 17 </image>
 18 
 19 <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
 20 <<include etc/housekeeping.conf>>

参数解读

首先用chr开头，然后空一格加一个“-”，scaffold名称，序号（从1开始），然后是染色体的起始和终止，最后一列是填充的颜色。
chromosomes_units是用来设置每个刻度代表的长度。若其单位为 u，我们把它设置为1000000=1u，那么1u就代表1Mb的长度。
chromosomes_display_default用来展示所有染色体，一般设置为yes，如果你想只展示几个染色体，可以设置为no，然后单独把需要展示的染色体列出来。
<ideogram>到</ideogram>是用来配置将染色体在圈图上展示出来的一个关键参数，在这里进行详细讲读。
spacing是用来设置圈图中染色体之间的空隙大小，我们设置为0.005r的意思是每个染色体之间的空隙占周长0.5%
radius是用来设置染色体的圈距离圆心的距离，设置为0.8r的意思是染色体的圈距离圆心80%的意思。
thickness是用来设置染色体圈的厚度，可以用r表示，也可用像素p表示，我们设置为6个像素。
fill 是用来设置是否为染色体圈填充颜色，颜色取决于核型文件karyotype最后一列颜色的数据。
fill_color是用来自定义填充颜色。
stroke_color是用来定义染色体圈的轮廓颜色。
stroke_thickness用来定义染色体轮廓的厚度。
show_label用来定义是否展示染色体的标签，这个标签对应核型文件的第四列。 
label_font是设置label的字体。
label_radius是用来设置标签的位置。
label_size用来设置字体大小。
label_parallel用来设置字体方向，yes是易于阅读的方向。

三：运行结果

把核型文件karyotype.txt和配置文件circos.conf放在同一目录下，运行以下命令：

circos -conf circos.conf

基础