[NAR|2019] SEanalysis 超级增强子相关调控分

超级增强子可以调控基因的表达。SEanalysis是一个用来分析超级增强子调控的数据库。这个数据库可以鉴定超级增强子相关基因；转录因子对于超级增强区域的调控以及鉴定到的转录因子上游的相关通路。

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这个数据库主要包括三种检索方式：

1. 通路下游分析
2. 上游调控分析
3. 基因组位置的注释

其中还包括很多单项检索工具：查找超级增强子区域; 按照样本类型检索; 按照转录因子检索; 按照通路检索; 按照基因检索

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主要分析方式

Pathway downsteam analysis

在常规分析当中，分为三种，我们选择Pathway downsteam analysis要求我们输入一系列的基因名。

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通过检索我们可以得到富集到的某一通路当中的基因的哪些基因收到那些转录因子调控。

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我们点击Detail可以查看详细结果。我们可以看到不同细胞系当中调控的结果。我们可以改变不同的细胞系，查看不同疾病当中的调控网络

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Upsteam regulartory analysis

上游转录调控分析当中，我们需要输入的就是想要分析的 基因名; 同时可以选择想要分析的 组织。

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分析结果当中，首先以表格的形式是显示了调控这个基因的 超级增强子编码; Chip-seq调控基因; 进一步算法得到的Master TF等等。

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同时我们点击Detail也可以看到具体的信息。

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Genomic region annotation

我们可以输入一系列的基因区域得到这些区域内的超级增强子位置。

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同样的，我们可以看到不同区域内的超级增强子的信息

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