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学习小组Day3笔记--Linux软件安装(凉皮儿)

学习小组Day3笔记--Linux软件安装(凉皮儿)

作者: 程凉皮儿 | 来源:发表于2019-08-28 16:28 被阅读0次

登录 ssh root@120.24.207.17 Aliyun-123
输入yum install -y bzip2安装
下载完毕后如幕布所示
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装完就是激活
source ~/.bashrc来激活conda结果幕布所示
如果安装失败,可以参考演示视频【无声版】(链接:https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码:iwcd4k)
添加镜像—
把下面的代码一行一行复制到命令行,粘贴、回车

#使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
  1. 查看当前所有软件列表 conda list
  2. 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
  3. 安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装,也可以试试不加-y有什么区别】
    默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
    如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y
  4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

首先理解一个叫做“conda 环境”的东西。

生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,这个时候就需要用到分身,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

conda info --envs (前面带*的就是默认的)
比如我们要处理转录组数据了,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

这里我自己输入代码,结果就错了,复制粘贴就好了,一看少输入了一个字母,看来要勤用tab或者直接复制

创建完之后,再次查看一下我们的conda环境,conda info --envs ,看是不是多了一个rna-seq 。但是发现,默认还是base
我们该激活新的conda环境了
conda activate rna-seq ,这时默认的* 就会转移到rna-seq前面;
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着,输入fastqc 试了试,下面的一大片信息(了解一下:其实这些是帮助信息)

如何卸载一个环境中的软件

卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
要卸载环境中的全部软件,也就是卸载整个环境卸载环境的时候,需要先退出当前环境再删除,使用 conda deactivate
卸载环境conda remove -n rna-seq --all

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