前言
我在上一个教程中,分享了 NCBI中下载作物参考基因组 | Scholarscope文献管理小插件视频教程。随后,自己认为这样的教程还是把弄成文档版本吧。因此,又花了一定的时间,重新将 视频版本
转变成文档版本
。 ---Du
第一步:在浏览器中搜索NCBI
第二步:在搜索框中输入你要下载作物的拉丁名,点击search
第三步:进入界面后下拉
找到Genomes
中的Assembly
,点击。
第四步:点击Assembly
进入
搜索到17个马铃薯的参考基因组,有17个版本,根据自己的需求选择即可。
第五步:选择自己需求的基因组版本。我们选择第一个版本“SolTub 3.0”,点击进入。
进入后,里面有详细的介绍,可以自己了解一下。
第六步:点击最右侧的FTP directory for RefSeq assembly
,进入FTP下载界面
在本界面中,即有马铃薯参考基因组3.0的所有fa文件,gtf文件,蛋白序列文件等。根据自己要求下载即可
第七步:使用wget命令下载
如果你想直接下载到服务器中,那就直接使用wget命令下载即可。或直接点击下载到本地。
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/226/075/GCF_000226075.1_SolTub_3.0/GCF_000226075.1_SolTub_3.0_genomic.fna.gz
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