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NCBI中下载作物参考基因组(文档版)

NCBI中下载作物参考基因组(文档版)

作者: 小杜的生信筆記 | 来源:发表于2022-01-19 20:52 被阅读0次

前言
我在上一个教程中,分享了 NCBI中下载作物参考基因组 | Scholarscope文献管理小插件视频教程。随后,自己认为这样的教程还是把弄成文档版本吧。因此,又花了一定的时间,重新将 视频版本转变成文档版本。 ---Du


第一步:在浏览器中搜索NCBI

第二步:在搜索框中输入你要下载作物的拉丁名,点击search

第三步:进入界面后下拉

找到Genomes中的Assembly,点击。

第四步:点击Assembly进入

搜索到17个马铃薯的参考基因组,有17个版本,根据自己的需求选择即可。


第五步:选择自己需求的基因组版本。我们选择第一个版本“SolTub 3.0”,点击进入。

进入后,里面有详细的介绍,可以自己了解一下。

第六步:点击最右侧的FTP directory for RefSeq assembly,进入FTP下载界面

在本界面中,即有马铃薯参考基因组3.0的所有fa文件,gtf文件,蛋白序列文件等。根据自己要求下载即可


第七步:使用wget命令下载

如果你想直接下载到服务器中,那就直接使用wget命令下载即可。或直接点击下载到本地。

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/226/075/GCF_000226075.1_SolTub_3.0/GCF_000226075.1_SolTub_3.0_genomic.fna.gz

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