从RNA-seq的结果到蛋白质的3D结构

通过前期的RNA-seq的数据，使用IGV进行可视化，找到目标区间内的基因。通过比较WT和Mutant 的bam文件的差异，看到在该基因上有多处的SNP位点。
手动把该片段的碱基序列save到本地。通过NCBI查找该目标基因，找到该目标基因的编码区。找到起始密码子，把目标序列翻译成氨基酸序列。
使用在线工具,翻译成氨基酸序列。一定要按照原始的起始位点翻译。
经过翻译后，使用DNAman比对蛋白质序列，发现有3个氨基酸变异。
使用在线工具swiss-model进行结构预测。具体使用方法参考地址
预测结束之后，可以直接下载zip压缩包。包含所有文件。在本地使用VMD打开。

结果显示，我的预测的模型比较好。使用http://servicesn.mbi.ucla.edu/SAVES/
评价模型。
我的评价结果是pass

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蛋白质的3D结构的文件后缀名是*.pdb
蛋白质文件的可视化使用免费软件VMD.下载地址
VMD使用的简单说明[VMD软件和中文教程]https://pan.baidu.com/s/1qjuoKTFxFJFOWzhgZIaskA 提取码: gpxj
注意：文件名和路径不要有中文，否则打不开文件。
打开VMD，File>New Molecule
选择对应的pdb文件。即可看到，3维结构。

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调整参数后，如图