小洁写于2018.9.30 22:19 囤货木有啦，shiny系列写到OUTPUT放下了，由于文章缺个分子对接结果，只好又开始重学。实验室空空荡荡，大家都回家给祖国母亲庆生去咯。可怜的豆豆和花花买的是二号的票，所以在这里给大脑充电。你们都去庆生，我寄几玩docking╭(╯^╰)╮
今天有个新粉丝加我，你猜管我叫啥：
嗯，我叫小洁，望周知！
言归正传，本文是以此博客为基础，查阅各方资料学习的，毫无基础可能会有些困难：http://blog.sciencenet.cn/blog-3196388-1090023.html
1.全系列教程所需软件
分子可视化软件pyMOL：https://pymol.org/2/
MGLTools：http://mgltools.scripps.edu/
转换格式工具openbabel：http://openbabel.org/
在生信星球公众号后台回复“autodock”，我会把所需的软件和文件打包发给你。
pyMOL我是现学现用现注册的，截了几个图：
在pymol官网申请学生免费版，填写相关资料会收到邮件。点击邮件最后的链接有用户名和密码。
填写后会根据提示下载一个文件，激活软件的时候要用。
就是这个啦
这个是仅供学习的，发文章用到是需要单位购买学术版的。
关于pyMOL的学习，找到一份写的很详细的资料：
PyMOL的应用简介：https://wenku.baidu.com/view/da94f409cc17552707220872.html?from=search
生物大分子三维结构显示技术讲义
https://wenku.baidu.com/view/fc8c5e44192e45361166f517.html?from=search
跟着学习了一个多小时，学会了怎么用。
补充一个pdb的背景知识：这是一种储存三维结构的文件格式，是纯文本，记录了每个原子的坐标，用可视化软件比如VMD、pymol可以将这些坐标转换为蛋白结构，比如这样：
或者这样：
（今天随手放了类似的图片在朋友圈，大家说啥的都有，吃货说鹅肠，有的说是电话线，有的说是扎头发的圈圈，是啦，你说是啥就是啥！）
2.进行分子对接，需要用pymol干什么呢？
（1）查看3D结构
（2）如果是从PDB数据库下载的蛋白和小分子的复合物（是晶体的话需要去除水分子），需要将蛋白和小分子分别提取出来，成为单独的pdb文件。
3.具体怎么操作？
(以下是搜索来的，亲测可行)
读取一个PDB数据库中的结构，ID是3uf0
flie-get pdb- 填写id- download，就会下载并显示这个晶体了。
（1）去除水分子
PyMOL >remove solvent
第一次录gif，时代在进步，感谢粉丝刘翌推荐的神器ScreenToGif。剩下的操作参考这个啦。
（2）分离得到蛋白
PyMOL >remove organic
File-Export Molecule-save-r.pdb
配色是随手搞的
这个是二聚体，AB链是一样的，可以删掉一条。用Notpad++打开pdb文件。
（3）分离得到小分子
在pymol中打开晶体复合物，然后选中小分子（点一个原子就是选中）
file-save molecule-sele-p.pdb
p.pdb
就是这样啦，感觉好极了。后面分子对接可能要肥家写咯！
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