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更多参考：
https://shengxin.ren/question/541
https://www.jianshu.com/p/da5922df19d1
https://www.differencebetween.com/difference-between-synteny-and-collinearity/

一、同线性和共线性

• Synteny（同线性）和Collinearity（共线性）在基因组学中是可以互换使用的两个术语。
• Synteny（同线性）是指一组基因在不同物种的同一染色体上的物理共定位。
• Collinearity（共线性）是同线性的一种形式，是指一组基因在不同物种之间以相同的顺序共定位。
• fig1.Synteny and Collinearity.png

（一）Synteny（同线性）

• Synteny（同线性）：在不同的物种中，位于同一条染色体上的一组基因的物理共定位。这些基因在单个染色体上的位置非常接近，但在不用物种中的排列顺序可能不相同。
• 同线性主要描述基因在染色体上的分布模式，这些基因的共定位模式表明不同物种间的关系及其进化。

（二）Collinearity（共线性）

• Collinearity（共线性）：共线性主要是用来描述同一染色体上基因的位置关系，也就是指由同一祖先型分化而来的不同物种间基因的类型以及相对顺序的保守性（即基因的同源性+基因的排列顺序）。
• 共线性片段的大小与物种之间的分化时间有很大关系：分化时间较短的物种间，积累的变异较少，会保留更多从祖先遗传下来的特征；相反的，分化时间较长的物种间由于变异积累而导致共有的特征变少，反而获得较短的共线性片段。
• 基于同线性和共线性在成对的基因组比较中识别一对一的最佳匹配染色体区域，是识别不同物种中同源基因的较好方法。

二、不同水平的共线性

• 全基因组水平的共线性：基于基因组的全部DNA序列，常用软件Mummer
• 基因水平的共线性：基于编码蛋白序列，保守性较高，常用软件McscanX/JCVI

三、定量评估连个基因组间的共线程度

• 两个基因组间的共线区域（block）的数量
• block在整个基因组区域上的占比率
• 如果是基因水平的共线性还可以统计block内的gene pair数量