2020-10-09-cufflinks转录组分析结果FPKM值

作者: Walter_Wang | 来源:发表于2020-10-09 09:44 被阅读0次

2020-10-09-cufflinks转录组分析结果FPKM值
FPKM转TPM
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转录组数据定量归一化
RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别
RNA-Seq数据标准化方法
RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snake
转录组表达定量- Read count？CPM? RPKM? F
RNA_Seq分析中的标准化（reads_count,FPKM,

cd ~/RNAseq/result/out_file/ #进入cufflinks结果输出目录

vim merge.sh

find ./ -name "gene*" |xargs -I {} awk '{print $1}' {} >track_id.list

for i in *_transcripts; do awk '{print "\t"$10}' $i/genes.fpkm_tracking >$i.txt && sed -i s/FPKM/$i/g $i.txt && paste track_id.list *.txt >all.fpkm; done

rm *.txt

rm track_id.list

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运行：sh merge.sh

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