咳是肺氣上逆，屬於呼吸系統的問題
嗽是食氣上逆，屬於消化系統問題
清朝明醫陳飛霞在其著述《幼幼集成》中說：“凡有聲無痰謂之咳，有痰無聲謂之嗽。”《字裏藏醫》中認為，咳是肺氣上逆，嗽是食氣上逆。
咽喉上通口腔和鼻腔，下連氣管和食道，是空氣、飲食、唾液、痰涎出入的必經之路。當水或食物通過咽喉時，喉室上提，會厭便向下傾倒，將喉的入口蓋住，使飲食進入食道。當有氣流通過時，會厭便自動立起，蓋住食道口，使氣流直接進入氣管。
通常人們用嘴吃飯，用鼻呼吸。特殊情況下也可以張嘴呼吸，透過鼻子餵食，只要咽喉分得清，便無大礙。吃飯、飲水時談笑、打鬧，很容易把冷空氣咽到胃裏，出現腹脹疼痛，直到放屁排除才能緩解。同樣，我們也會把水或者食物嗆到氣管裏面，這時候氣管和支氣管就會產生自動的排異反應，肺氣上逆而咳，將異物排出。
氣管和支氣管內壁上有一層粘膜，每個粘膜上皮細胞表面有數百條纖毛。粘膜下層有大量的粘液腺和氣管線，不斷地分泌少量粘液，覆蓋在纖毛上皮表面，形成一層粘膜，用來粘吸入的塵粒或細菌，濕潤、加溫吸入的空氣。黏膜上的纖毛不斷向上擺動，將粘液向咽喉輸送。外部空氣越髒、越冷，痰液分泌就越多，排痰就越頻繁。痰液輸送到接近咽喉的時候，就需要人咳一下，把痰排到咽喉，再吐出或咽下。
纖毛運動是無聲的、自動的，但是，如果黏膜表面的黏液過於粘稠、幹燥，或者分泌過多，就會妨礙纖毛運動。另外，吸入有害氣體，長期吸煙，或者吸入空氣的溫度過低，也會抑制纖毛運動，甚至引起細胞壞死，纖毛脫落。這時候就需要咳，也就是氣管、支氣管的大幅逆向運動，來排除氣體和黏液了。直到有害氣體或物質排出，纖毛恢復了自主運動，咳可才會停止。
食道是一條厚壁肌肉質的直管。食道的運動主要是食道環形肌自上而下，有順序地收縮造成一種蠕動。食道的內壁附有腺體，可以分泌粘液，以潤滑食道，便於食物團的運行。但是，如果飲食過量、過於肥膩，賁門閉合，食道內的粘液過多，無路可走，人就會嗽一聲，把痰搜刮上來，到了咽喉，再吐出去。有時候嗽上來的痰會跑到氣管裏，引起嗆咳，現代醫學稱之為胃食道逆流慢性咳嗽，其實這就是由嗽而咳。
咳屬於呼吸繫統的問題，嗽屬於消化繫統的問題。兩者雖然有密切的關繫，脾為生痰之源，肺為儲痰之器，但是診斷定位還是要明確，因為治療方法也是不同的。
治咳必須分清順逆，從咳的性質、音色、節律和咳的時間、誘發或加重因素來判斷。一般的原則是因勢利導，助肺排痰，不能一味地止咳、鎮咳。就像治療發燒不能一味地冰敷，有時需要吃藥發汗一樣。
其它臟腑也會影響到肺導致咳，《素問·欬論篇》：“五臟六腑皆令人欬，非獨肺也。”臨床比較常見的是心咳和腎咳。心咳是由於勞心過度，心火灼灼，克伐肺金。這種咳一般在激動、緊張時加重，以半聲咳為主，夜間重，甚至伴有盜汗。腎咳以咳而遺尿、鼻頭寒涼為特徵，因為命門無火，督脈不溫，鼻子吸入的空氣無法加熱，刺激肺而產生咳。
治療嗽的關鍵在於節飲食，消積滯。控制飲食攝入的速度，也很關鍵。
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