根据哲学思想的演变过程，瑜伽的历史可以粗略的分为六个阶段：
原始时期，吠坨时期，前经典时期，经典时期，后经典时期，近现代时期。
1 .原始时期：密教瑜伽
公元前3000—公元前2500年，印度修行者在原始森林从动物身上参悟瑜伽的修持方法，在梧桐山谷，主要以密传的方式，经历1000年的演变，文字记载少，主要以静坐、冥想及苦行的形式出现。此时的瑜伽为密教瑜伽。印度河文明时期，印度次大陆有一群原住民在大地四处游荡，万物给他们无限灵感，举行复杂严肃的仪式，祭祀神灵，以此叩问生命的真相，对性力的崇拜，特异功能、长生是密教瑜伽的特征。
传统意义上的瑜伽是一种针对内心灵魂的修持术，瑜伽的发展一直伴随着印度宗教的历史演变，瑜伽的内涵随着历史的发展不断的发展和丰富起来。
2. 吠陀时期：瑜伽最初的概念出现
“瑜伽"这个词最早出现在公元前1500年左右。
游牧民族雅利安人入侵，加剧了印度土著文明的衰落，带来了婆罗门文化。婆罗门教吸收了瑜伽作为他们宗教实践的一部分，其宗教经典《吠陀》中首次提出了瑜伽的概念。《吠陀》 共有四部，前三部《吠陀》一《梨俱吠陀》、《摩挲吠陀》 和《柔耶吠陀》用于婆罗门教的教士修炼，后来，第四部《吠陀》一《阿闼婆吠陀》为普通人提供了在日常生活中修行用的咒语。
“瑜伽”这个词的词根Yuj也是在《梨俱吠陀》中最早被提到。《梨俱吠陀》 由一系列的颂歌构成，将瑜伽定义为“约束”或者“戒律"，但是并没有提供任何系统性的体式练习。“瑜伽"再次作为一种自我约束方法在《阿闼婆吠陀》出现，但是这次瑜伽的涵义还包括了呼吸控制，当时是信奉神的教士们为了更好的唱诵而产生的。这是我们目前所知的关于瑜伽最早的起源。
吠陀瑜伽修习的目标开始有主要基于肉体练习来达到自我解脱，而过渡到证悟梵我合一的宗教哲学高度。
3 .前经典时期：成为修行的方式
公元前8世纪—公元前5世纪，《奥义书》出现了。
《奥义书》 进一步阐述了吠陀经文。在早期的《吠陀》中，瑜伽仅仅是一个名词和一种刚刚出现的戒律，然而在宗教经典《奥义书》瑜伽却扮演了重要角色。成为了一种修行方式。在《奥义书》中，无体式，指一种可以彻底摆脱痛苦的笼统的修行方法，在此有两种瑜伽流派盛行，即：业瑜伽、智瑜伽。
业瑜伽强调宗教仪式，智瑜伽着重对宗教典籍的学习和理解。两种修炼方式均可使人最终达到解脱的境界。
公元前6世纪—公元前5世纪，兴起的佛教也将瑜伽吸收到了他们的宗教实践中。在中世纪，瑜伽在向波斯、中亚和中国等地传播的过程中，又被伊斯兰教吸收，并成为伊斯兰教实践的重要内容。
4 .经典时期：重要的瑜伽经典出现
公元前5世纪—公元2世纪，在古典瑜伽时期出现了瑜伽历史上最重要的的两部最经典著作:《薄伽梵歌》(BhagavadGita)和帕坦伽利的《瑜伽经》(Yoga Sutra)。
《薄伽梵歌》起源于文献《奥义书》,为我们提供了那个时代最全面的有关瑜伽的描述。主要讲各种与神性的沟通方式，其内容包裹王瑜伽、奉爱瑜伽、业瑜伽、智瑜伽。
《瑜伽经》 是第一本系统性阐述瑜伽的专著,所以作者帕坦伽利被尊称为瑜伽之父。他给瑜伽下的定义是:“瑜伽是控制意识的波动。”195句箴言详细阐释了瑜伽的八支。《瑜伽经》讲通过精神上的净化获得身、心、灵平衡的状态，它将瑜伽定义为一种抑制心念多变的修行方式。即：数论思想与瑜伽派修持理论之大成，严守八支分法，以获得解脱，回归真实的自我状态。八支分法即：“习练瑜伽的八个步骤；自律、精进、静坐、调息、制感、执持、禅定、三摩地。”它是王瑜伽的中心，用于获得开悟的途径。
5.后经典时期：坦陀罗瑜伽
公元2世纪—公元19世纪，对现代瑜伽影响深厚的坦陀罗瑜伽(Tantra Yoga)得到蓬勃发展，并在其基础上发展出哈他瑜伽(Hatha Yoga)。
坦陀罗瑜伽认为终极自由只有通过严格的苦行和冥想才能得到，利用对女神的崇拜，最终获得自由，他们认为事物都有相对性和两重性（善与恶、热与冷、阴与阳），从痛苦中解脱的唯一途径是，将身体中所有的相对性和两重性连接并融合起来。
帕坦伽利虽然强调了锻炼身体并净化的必要性，但同时认为人体是不洁净的，一个真正开悟的瑜伽士，会尽量摆脱人群的陪伴，以避免受到污染。但坦陀罗瑜伽派十分欣赏人的身体，认为湿婆神存在于人的身体中，并认为自然万物的本源是性力，就位于脊柱骨的下方。世界并不是一个幻觉，而是神性的证明，人们可以通过对世界的体验，更接近神性。他们更偏向象征性的方式使男女能量结合，他们依赖艰苦的瑜伽体位来唤醒体内的女性力量，并从身体中提炼出开，后将她与位于头顶的男性力量结合，他们比任何瑜伽士更尊重女性。
6．近现代时期 哈他瑜伽 现代瑜伽蓬勃发展时期
公元19世纪—公元21世纪（至今）
大概公元15世纪的时候，《哈他之光》出现了，他的作者是印度瑜伽大师斯瓦特玛拉玛，这部瑜伽经典被认为是现存最古老的关于哈他瑜伽的文献，也是最重要的综合教科书。
哈他瑜伽只是后经典时期一个很小的瑜伽流派，但也是当代最受西方世界欢迎的瑜伽流派，由于迷恋于身体和神通修炼，在当时的印度教中多少有点异端的嫌疑，它的理论起源于坦陀罗瑜伽，同时还吸取了佛教、炼金术和湿婆教的因素，哈他瑜伽是也相信事物的正反相对，如：男和女、热和冷、快乐和悲伤，所引起的疾病、痛苦和误解。哈他瑜伽的“哈”指太阳，“他”指月亮。哈他就是太阳和月亮的结合，意味着相辅相成，哈他瑜伽对两性结合兴趣并没有像坦多罗瑜伽那么大，它更热衷于将肉身转化为微妙的神圣身体，从而得到开悟。
在整个后经典时期，哈他瑜伽都是一个边缘性的流派，但产生了数量惊人的专著，其中《哈他瑜伽之光》，描述了16种体式，大多数是莲花式的变体，介绍了多种洁净法，8种调息技巧和多种特殊的收束法。另一著作是《湿婆本集》，它强调即使是一个普通人（男性）也可以练习瑜伽，它列出了一套复杂的生命体系，命名了84 种不同的瑜伽体式，还描述了5种具体的生命气和控制这些生命气的具体技巧，它主张练习瑜伽，不仅可以治病，也可以获得神秘的超能力。
当今最流行的瑜伽形式——哈他瑜伽的体式，最早是促进健康和改变外表为重点而出现在我们的文化中的，但是随着练习者对瑜伽的逐步深入，他们通过瑜伽所获得的身体协调性和柔韧性会使其进入生命中更深入、更精神化的境界，身、心、灵的统一，成为他们追求的最终目标。
瑜伽大师：
最著名的瑜伽大师之-是Swami Sivananda。他早年在瑞诗凯诗建立了神圣社团及进修中心，并以医生的身份在马来西亚工作，二十世纪六十年代他在美国开设了学校，二十世纪七十年代在欧洲建立了学校。Sivananda众多成就之一是修正过的五大瑜伽原理: 1.合理的放松(savasana); 2.合 理的锻炼(Asanas); 3.合理的呼吸(pranayama); 4.合理的饮食(vegetarian); 5.积极正面的思想和冥想(dhyana)。
另一位有影响力的人物，Swami Kuvalayananda是瑜伽科学研究的先驱和倡导者，他是将瑜伽进行科学解释的第一人。
还有一位Sri Krishnamacharya在现代哈他瑜伽的教学和推广普及中，培养了多位杰出的瑜伽大师。其中著名的BKS iyengar大师，创建阿斯汤伽的pattabhi jois大师及他的儿子TKVdesikachar大师。
如今，瑜伽以及所衍生的各种现代瑜伽流派风靡全球，越来越为现代人群所接受和喜爱。
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