使用devtools下载linkagemapview包

install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools:: install_github("louellette/LinkageMapView",build_vignettes=TRUE)

载入

library(LinkageMapView)

数据类型类型介绍

mapthis

主要的文件类型（必须的），至少为三列，第一列为群组，第二列为位置，第三列为标记名称，同样你也可以在第四列加上颜色的标签

group position    locus
2170LG3    0.000 BSSR-094
2170LG3    7.039   ESSR86
2170LG3   11.123      F3H
2170LG3   11.123     FLS1
2170LG3   13.079   ESNP32
2170LG3   13.079   ESNP31

conndf

这个是你要在染色体之间划线的文件（非必须），分为四列，第一列为划线开始的群组，第二列为开始群组中标记的名称，第三列为划线结束的群组，第四列为结束群组中标记的名称

fromchr fromlocus tochr tolocus
2170LG3 BSSR-094  70349LG3  K1562
2170LG3 K0593  70349LG3  K1323
70349LG3  K1562 10117LG3  ESSR-087
70349LG3  K1323 10117LG3  P1

markerformatlist

这个文件是要对一些标记进行特殊的处理（非必须），如加颜色，斜体等，这个文件时list，标记的名称为必须的，颜色，标签和字体是非必须的

locus
col
cex
font

qtldf

这个好像是在图中标记出你的qtl的，是个data.fram

chr qtl so si  ei ei  col
70349LG3  RTPE-Q1 36.6  37  37  38  red

sectcoldf

这个没有用过

上面提到的这些文件格式，都可以自己先创建好，然后倒入到R中去

几个重要参数的使用说明

autoconnadj：染色体中名字一样的标记是否使用线连接起来，默认是TRUE
posonleft：正常的图中（默认是TRUE），位置是在染色体的左边的，如果改为FALSE,就会把位置画在右边，同样，标记的名称在另一边
revthese：后面接的是群组的名称，这个参数可以把这个群组的顺序倒过来
ruler：默认是FALSE，如果改为TRUE，那么图中就不会标出位置的信息
showonly：只显示这些标记的名称
dupnbr：当一个位置的标记比较多时，将默认参数FALSE改为TRUE，可以只显示一个标记的名称

还有好多参数，那些参数大多是对图形的一些修改，以及对pdf的修改
################现在开始练习#######################

这个包主要有一个函数——lmv.linkage.plot

#这个包带的练习的数据
data(carrot)
head(carrot)

练习1

lmv.linkage.plot(carrot,outfile = "carrot1.pdf")
lmv.linkage.plot(carrot,outfile = "carrot2.pdf",revthese = "70349LG3")
lmv.linkage.plot(carrot,outfile = "carrot3.pdf",autoconnadj = FALSE)
lmv.linkage.plot(carrot,outfile = "carrot4.pdf",posonleft = FALSE, mapthese = c("10117LG3"))
lmv.linkage.plot(carrot,outfile = "carrot5.pdf",mapthese = c("10117LG3"))
lmv.linkage.plot(carrot,outfile = "carrot6.pdf",ruler = TRUE)

练习2

#使用qtl包中的数据，和carrot实际上效果一样
library(qtl)
data(hyper)
lmv.linkage.plot(hyper,"carrot7.pdf",mapthese=c(1,4,6,15),
                 lcol="green",
                 lcex=2,
                 lfont=2,
                 rcol="red",
                 rcex=2,rfont=3,
                 showonly=c("D1Mit123","D4Mit80","D6Mit135","D15Mit156"))
lmv.linkage.plot(hyper,"carrot8.pdf",mapthese=c(1,4,6,15),
                 col.lgtitle = "blue",
                 cex.lgtitle=2,
                 col.main = "red",
                 main="Overall Title for the Output Map")

练习3

#make a df to pass qtl info
qtldf <- data.frame(chr = character(), 
                    qtl = character(), 
                    so = numeric(), 
                    si = numeric(), 
                    ei = numeric(), 
                    eo = numeric(),
                    col = character(),
                    stringsAsFactors = FALSE)
qtldf <- rbind(qtldf, data.frame(chr = "70349LG3", 
                                 qtl = "RTPE-Q1", 
                                 so = 36.6, 
                                 si = 37, 
                                 ei = 37, 
                                 eo = 38, 
                                 col="red"))
#make a list to pass label options
flist <- list()
locus <- c("BSSR-094", "K0149", "K0627", "K2161", "ESSR-087", "ESSR-057")
font  <- c(2)   #bold
flist[[1]] <- list(locus = locus, font = font)

locus <- c("F3H", "FLS1")
font  <- c(4)   #bold italic
flist[[2]] <- list(locus = locus, font = font)

locus <- c("P3", "P1", "Raa1")
font  <- c(3)   #italic
col <- c("red")
flist[[3]] <- list(locus = locus, font = font, col = col)

lmv.linkage.plot(carrot, outfile = "carrot9.pdf", 
                 ruler = TRUE,
                 lgtitle = c("2170", "70349", "10117"),
                 maxnbrcolsfordups = 2, 
                 markerformatlist = flist,
                 lg.col = "lightblue1", 
                 pdf.height = 16,
                 pdf.width = 10,
                 revthese = c("70349LG3"), 
                 qtldf=qtldf)

练习4

qtldf <- data.frame(fromchr = character(), 
                    fromlocus = character(), 
                    tochr = character(),
                    tolocus = character(),
                    stringsAsFactors = FALSE)
qtldf <- rbind(qtldf, data.frame(fromchr = c("2170LG3","2170LG3","70349LG3","70349LG3"),
                                 fromlocus = c("BSSR-094", "P3", "K1562", "K2227"), 
                                 tochr = c("70349LG3", "70349LG3", "10117LG3", "10117LG3"),
                                 tolocus = c("K1562", "K2227", "ESSR-087", "P1")))               
lmv.linkage.plot(carrot,"carrot10.pdf",ruler = TRUE,autoconnadj = F,conndf = qtldf)

练习5

data(oat)
# draw tickmarks at each cM from 0 to largest position of linkage groups to be drawn
maxpos <- floor(max(oat$Position[oat$Group == "Mrg01" | oat$Group == "Mrg02"]))
at.axis <- seq(0, maxpos)

#put labels on ruler at every 10 cM
axlab <- vector()
for (lab in 0:maxpos) {
  if (!lab %% 10) {
    axlab <- c(axlab, lab)
  }
  else {
    axlab <- c(axlab, NA)
  }
}
lmv.linkage.plot(oat,"oat.pdf",mapthese=c("Mrg01","Mrg02"),denmap=TRUE, cex.axis = 1, at.axis = at.axis, labels.axis = axlab)

carrot1.pdf
carrot2.pdf
carrot3.pdf
carrot4.pdf
carrot5.pdf
carrot6.pdf
carrot7.pdf
carrot8.pdf
carrot9.pdf
carrot10.pdf
oat.png