“不管后代与亲代间的每个轻微差异是何原因造成的，我们可以相信：任何构造上，与习性相关联且较为重要的变异，都是有利变异逐步经过缓慢的积累出来的。”在这个过程中，器官和习性的使用与否，对于某些情形中体质与构造的变异起到十分重要的作用；重复的、退化的及低等的结构易于变异；也伴随着相关变异和自然选择。优势会出现生长的补偿和节约，“如果流向某部分或某器官的养料过多，那么就没有过多养料流向另一部分或另一器官。变异是一种长期的、持续不断的、较为缓慢的过程，因此自然选择没有充裕时间来克服变异的倾向，以及抑制重现较少变异状态的倾向。如果这个器官异常发达，自然选择都会给予其固定的性状”。在持续、缓慢的演化进程中，自然很难淘汰发达的器官，生长的补偿和节约也从另一个角度诠释了优胜劣汰。
达尔文提出了兼变传衍理论的诸项难点，一是过渡变种的缺失或稀少，二是论具特殊习性及构造的生物之起源与过渡，三是本能可否依靠自然选择获得并得到改变，四是，如何说明物种杂交时具有的及其后代具有的不育性，对于变种杂交的能育性没有损害。达尔文对这些问题做出了回答，他认为不完全的地质记录所引起了第一个问题，在讨论第二个问题是他引用了“大自然中没有飞跃”，达尔文十分严谨地表示这些都是基于十分谨慎的推测。
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