在本章中，作者从形态学、胚胎学、发育不全的器官的角度入手，解读生物的相互亲缘关系，认为“在分类中，我们必须不要信任体制结构部分的相似性；它们（生殖器官）非常清晰地显示了真正的亲缘关系；器官由于不使用或由于自然选择而缩小”，引出了“分类中的规则与困难，用兼变传衍的理论予以解释”的观点。
“自然界会保留轻微、连续、有利的变异”，器官可以因不使用或自然选择而缩小，也可以因现实需要和自然选择而进化完善。但这个过程始终是轻微、连续、有利的，什么都不可能一蹴而就，生物的兼变传衍更是经历了漫长的历史进程。于细微处入手，持之以恒必将于无声处听惊雷。
达尔文通过质疑、验证提出自己的观点，让人无懈可击，也让我们看到了科学的猜想为什么从来都不同于瞎猜。《物种起源》主要讲述并试图论证早期进化论中非常重要的四个猜想：物种渐变猜想、自然选择猜想、间断平衡猜想、生命之树猜想。在了解这四个猜想后，我们更需要学习的是达尔文的严谨科学以及逻辑的严密。
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