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「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始

「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始

作者: xuzhougeng | 来源:发表于2019-07-07 21:13 被阅读27次
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    我们第一周目标有三个:

    • 熟悉Linux环境
      • 登录服务器
      • Linux基本命令
      • PATH的意义
    • 学习conda管理环境
      • 如何在conda中添加channel
      • 如何用conda安装和卸载软件
      • 如何创建新的环境和切换环境
    • 数据准备

    首先,你需要有一个Linux环境,Windows10用户可以安装WSL,MacOS请在应用程序中搜索终端

    然后,你需要学一些基础的Linux的命令操作,如下是鸟哥的Linux私房菜的对应链接

    再接着你需要用conda安装如下软件

    • sra-tools: 数据下载
    • fastqc: 查看数据质量
    • cutadapt, trimmomatic: 数据质控
    • star, hisat2: 数据比对
    • samtools: SAM/BAM文件处理
    • subread, htseq: 基因计数

    conda的教程推荐看https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

    学有余力: 整理网络上关于这些软件的资源

    接着你得下载如下数据:

    以上就是第一周的内容了。

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