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less/more
less和more查看文件都可以，包括对于很大的文件都可以很方便的打开。压缩格式也可以直接打开。
-m 显示类似于more命令的百分比。 -N 显示行号。 -S 格式化显示。
less -S nt.tar.gz
head / tail
输出文件的开始/末尾n行。默认 10 行，加-n进行设置，利用管道可以取文件中间行。
$ head -40 a.txt | tail -n 20 #取文件第 21~40 行
$ head -n 20 a.txt #取文件前20行
$ tail -n 15 a.txt #输出文件后15行
gzip/bzip2
gzip和bzip2是文件压缩工具，加上un为解压缩。
-a或--ascii 使用ASCII文字模式。
-c或--stdout或--to-stdout 把压缩后的文件输出到标准输出设备，不去更动原始文件。
-d或--decompress或----uncompress 解开压缩文件。
-f或--force 强行压缩文件。不理会文件名称或硬连接是否存在以及该文件是否为符号连接。
-h或--help 在线帮助。
-l或--list 列出压缩文件的相关信息。
-L或--license 显示版本与版权信息。
-n或--no-name 压缩文件时，不保存原来的文件名称及时间戳记。
-N或--name 压缩文件时，保存原来的文件名称及时间戳记。
-q或--quiet 不显示警告信息。
-r或--recursive 递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理。
-S<压缩字尾字符串>或----suffix<压缩字尾字符串> 更改压缩字尾字符串。
-t或--test 测试压缩文件是否正确无误。
-v或--verbose 显示指令执行过程。
-V或--version 显示版本信息。
-<压缩效率> 压缩效率是一个介于1－9的数值，预设值为"6"，指定愈大的数值，压缩效率就会愈高。
--best 此参数的效果和指定"-9"参数相同。
--fast 此参数的效果和指定"-1"参数相同。
$ gzip a.txt
$ gunzip a.txt.gz
tar
Tape archive，磁带档案。
tar是一个比较复杂的命令，tar主要用于打包，由于tar能调用gzip或者bzip2进行压缩，而打包和压缩经常如 windows 系统一样合并为一个过程，新手经常将二者混淆。
首选项： -c 建立打包档案，可搭配 -v 来察看过程中被打包的档名(filename)； -t 察看打包档案的内容含有哪些档名，重点在察看『档名』就是了； -x 解打包或解压缩的功能，可以搭配 -C (大写) 在特定目录解开。
辅选项： -j 透过 bzip2 的支持进行压缩/解压缩：此时档名最好为 *.tar.bz2； -z 透过 gzip 的支持进行压缩/解压缩：此时档名最好为 *.tar.gz； -v 在压缩/解压缩的过程中，将正在处理的文件名显示出来！ -f filename -f 后面要立刻接要被处理的档名！
对于初学者，记住c是creat，创建；x是解包；z对应gzip；j对应bzip2即可，所以常用的命令如下：
$ tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C # 打包压缩为 bz2 结尾文件
$ tar -jxvf filename.tar.bz2 # 解压缩 .tar.bz2 结尾文件
$ tar -zcvf filename.tar.gz A B C # 打包压缩为 gz 结尾文件
$ tar -zxvf filename.tar.gz # 解压缩 .tar.gz 结尾文件
参数有：
-A或--catenate 新增文件到已存在的备份文件。
-b<区块数目>或--blocking-factor=<区块数目> 设置每笔记录的区块数目，每个区块大小为12Bytes。
-B或--read-full-records 读取数据时重设区块大小。
-c或--create 建立新的备份文件。
-C<目的目录>或--directory=<目的目录> 切换到指定的目录。
-d或--diff或--compare 对比备份文件内和文件系统上的文件的差异。
-f<备份文件>或--file=<备份文件> 指定备份文件。
-F<Script文件>或--info-script=<Script文件> 每次更换磁带时，就执行指定的Script文件。
-g或--listed-incremental 处理GNU格式的大量备份。
-G或--incremental 处理旧的GNU格式的大量备份。
-h或--dereference 不建立符号连接，直接复制该连接所指向的原始文件。
-i或--ignore-zeros 忽略备份文件中的0 Byte区块，也就是EOF。
-k或--keep-old-files 解开备份文件时，不覆盖已有的文件。
-K<文件>或--starting-file=<文件> 从指定的文件开始还原。
-l或--one-file-system 复制的文件或目录存放的文件系统，必须与tar指令执行时所处的文件系统相同，否则不予复制。
-L<媒体容量>或-tape-length=<媒体容量> 设置存放每体的容量，单位以1024 Bytes计算。
-m或--modification-time 还原文件时，不变更文件的更改时间。
-M或--multi-volume 在建立，还原备份文件或列出其中的内容时，采用多卷册模式。
-N<日期格式>或--newer=<日期时间> 只将较指定日期更新的文件保存到备份文件里。
-o或--old-archive或--portability 将资料写入备份文件时使用V7格式。
-O或--stdout 把从备份文件里还原的文件输出到标准输出设备。
-p或--same-permissions 用原来的文件权限还原文件。
-P或--absolute-names 文件名使用绝对名称，不移除文件名称前的"/"号。
-r或--append 新增文件到已存在的备份文件的结尾部分。
-R或--block-number 列出每个信息在备份文件中的区块编号。
-s或--same-order 还原文件的顺序和备份文件内的存放顺序相同。
-S或--sparse 倘若一个文件内含大量的连续0字节，则将此文件存成稀疏文件。
-t或--list 列出备份文件的内容。
-T<范本文件>或--files-from=<范本文件> 指定范本文件，其内含有一个或多个范本样式，让tar解开或建立符合设置条件的文件。
-u或--update 仅置换较备份文件内的文件更新的文件。
-U或--unlink-first 解开压缩文件还原文件之前，先解除文件的连接。
-v或--verbose 显示指令执行过程。
-V<卷册名称>或--label=<卷册名称> 建立使用指定的卷册名称的备份文件。
-w或--interactive 遭遇问题时先询问用户。
-W或--verify 写入备份文件后，确认文件正确无误。
-x或--extract或--get 从备份文件中还原文件。
-X<范本文件>或--exclude-from=<范本文件> 指定范本文件，其内含有一个或多个范本样式，让ar排除符合设置条件的文件。
-z或--gzip或--ungzip 通过gzip指令处理备份文件。
-Z或--compress或--uncompress 通过compress指令处理备份文件。
-<设备编号><存储密度> 设置备份用的外围设备编号及存放数据的密度。
--after-date=<日期时间> 此参数的效果和指定"-N"参数相同。
--atime-preserve 不变更文件的存取时间。
--backup=<备份方式>或--backup 移除文件前先进行备份。
--checkpoint 读取备份文件时列出目录名称。
--concatenate 此参数的效果和指定"-A"参数相同。
--confirmation 此参数的效果和指定"-w"参数相同。
--delete 从备份文件中删除指定的文件。
--exclude=<范本样式> 排除符合范本样式的文件。
--group=<群组名称> 把加入设备文件中的文件的所属群组设成指定的群组。
--help 在线帮助。
--ignore-failed-read 忽略数据读取错误，不中断程序的执行。
--new-volume-script=<Script文件> 此参数的效果和指定"-F"参数相同。
--newer-mtime 只保存更改过的文件。
--no-recursion 不做递归处理，也就是指定目录下的所有文件及子目录不予处理。
--null 从null设备读取文件名称。
--numeric-owner 以用户识别码及群组识别码取代用户名称和群组名称。
--owner=<用户名称> 把加入备份文件中的文件的拥有者设成指定的用户。
--posix 将数据写入备份文件时使用POSIX格式。
--preserve 此参数的效果和指定"-ps"参数相同。
--preserve-order 此参数的效果和指定"-A"参数相同。
--preserve-permissions 此参数的效果和指定"-p"参数相同。
--record-size=<区块数目> 此参数的效果和指定"-b"参数相同。
--recursive-unlink 解开压缩文件还原目录之前，先解除整个目录下所有文件的连接。
--remove-files 文件加入备份文件后，就将其删除。
--rsh-command=<执行指令> 设置要在远端主机上执行的指令，以取代rsh指令。
--same-owner 尝试以相同的文件拥有者还原文件。
--suffix=<备份字尾字符串> 移除文件前先行备份。
--totals 备份文件建立后，列出文件大小。
--use-compress-program=<执行指令> 通过指定的指令处理备份文件。
--version 显示版本信息。
--volno-file=<编号文件> 使用指定文件内的编号取代预设的卷册编号。
wc
Word Count 统计文件中，行数，单词数，字符数。
-l filename 报告行数；
-c filename 报告字节数；
-m filename 报告字符数；
-w filename 报告单词数。
sort
排序，默认按第一列排序，可以通过-k进行设置；默认排序规则为按 ASCII 码排序，可以通过-n进行修改；-r取相反方向；
-n 依照数值的大小排序。 -o 将排序后的结果存入指定的文件。 -r 以相反的顺序来排序。 -t 指定排序时所用的栏位分隔字符。 -k 选择以哪个区间进行排序。
grep
文本搜索工具，类似于正则表达式搜索，可以在一个大的文件中快速搜索到满足一定规则的内容。
常用参数如下：
-i：忽略大小写进行匹配。
-v：反向查找，只打印不匹配的行。
-n：显示匹配行的行号。
-r：递归查找子目录中的文件。
-l：只打印匹配的文件名。
-c：只打印匹配的行数。
#案例一：统计fasta文件中序列的条数；
grep -c ">" gene.ffn
#案例二：输出满足条件的序列；
grep -A "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#案例三：筛选出不满足条件的内容；
ps -fx | grep -v "S"
df
disk free. 查看磁盘消耗及配额。会显示总存储、使用存储及可用存储。
-a 显示全部文件系统； -h 文件大小友好显示； -l 只显示本地文件系统； -i 显示 inode 信息； -T 显示文件系统类型。
$ df -h ./ #显示当前文件夹所在盘的磁盘消耗情况
du
查看目录/文件大小，一般加 -h 参数，表示以G/M/K等单位显示，方便阅读
$ du -sh dirname/
which
which 查看可执行文件的位置，在PATH变量指定的路径中查看系统命令是否存在及其所在位置。
$ which python #查看python是否在系统环境中及安装路径
chmod
Change mode. 用于修改文件权限，Linux 基础权限可以包括ugo模式以及421模式。
Linux中一般包括三种模式，分别为r:可读(4) w:可写(2) x:可执行(1)
$ ll index.sh #原始权限,三个字符为一组，分别代表本人、同组、其他人的权限
-rwxr-xr-x. root root Oct : index.sh
#421模式修改
$ chmod 644 index.sh #修改为本人可读可写(4+2=6)权限；同组及其他人为可读权限
$ ll a1.index.sh
-rw-r--r--. root root Oct : index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh #给本人(u)、及同组(g)人员添加可执行权限
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr--. root root Oct : a1.index.sh
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