课后补充---人类肾脏的单细胞多组学和空间图谱表明纤维化微环境与

作者，Evil Genius

目前我们已经讲了16节课了，已经分享了很多方法了，大家学习的同时，也要阅读一些我提供的文献，这样既要学会方法，也要会在研究中使用这些方法，毕竟我们发表文章，其生物学意义才是最主要的。

今天我们分享的文献在Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression(nature genetics，2024年7月24日)。其中就运用了很多我们课上讲到的方法，包括

1、cell2location解卷积，这是高分文章标配

2、空间信号流

3、共定位分析

4、还有我们单细胞部分的转录组联合ATAC的数据分析，期间还有一些WGCNA等一些的分析内容

我们来分享一下

知识背景

肾脏是人体中复杂的三维结构，人体肾脏每天过滤超过140升的血浆，重新吸收重要的营养物质，排泄水和电解质，排除毒素以维持体内环境。结合snRNA-seq/scRNA-seq和snATAC -seq、Visium、CosMx，研究肾脏慢性疾病的发病机制。

结果1、肾脏的综合多组学单细胞图谱

结果2、高分辨率空间分辨人类肾脏图谱

Visium FFPE平台 （cell2location解卷积 + CellTrek的空间展示）
使用CosMx (NanoString)平台在真正的单细胞分辨率下分析人类肾脏样本。

结果3、肾脏纤维化的形态学变化

结果4、肾脏微环境

结果5、人肾纤维化小管细胞损伤

结果6、基因预测疾病进展，就是大家很喜欢的靶基因研究，但是如何引出靶基因，需要能力和智慧了，而且很大程度上依赖队列分析。

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