只要一行动,时间过得很快,第二周也过去了。
上一周我们也做了不少事情,主要还是展示了一下,如何在数据调整能力过关的情况下,快速学习新的R包
一开始讲了一下桑基图(Sankey)的简单实现
这个图在以后会用来展示lncRNA,microRNA,mRNA的关系。
接着我用ggplot2模仿了一下海涛用基础作图实现的局部放大效果
局部放大图(zoom)的简单实现,以及如何实现眼到手到
周三我更新了一个重磅但无人关注的帖子,是GEO芯片中的非编码芯片的注释,我们给出了一个全平台通用的方法,最后也提供了注释好的文件供供大家免费使用。
GEO芯片分析的倒数第2个关卡被没有了
这个名字暗示着,之后还会解决最后一个关卡,那么到那时,所有的GEO表达谱芯片都不用怕了。具体是什么,后面慢慢揭晓。
其实,到了这里,我心里已经十分明确了,如果我能坚持更新六个月,以后技术上都没有任何问题,大家只要考虑如何提出有意义的Idea就可以了。
后面我从临床医生的视角去解释了GEO芯片分析的一个争论很大的问题:
GEO芯片中多个探针对应一个基因,是求平均值还是保留最大值?
其实带着临床医生的视角去看待这些问题,很多问题都会迎刃而解,比如,模型构建中,每一个数据集的cutoff可以不一样么?
要我看,不可以。因为模型构建说小了是发文章,说到了是为了预测患者的生死,最终是要开发成试剂盒运用到临床的,用于临床的东西,他的cutoff值,要有标准,最好一样。
有时候心情不是很稳定,就会更新一些偏门技能,比如
把逻辑矩阵变成数值矩阵的最简单方法是乘以1
最后一个帖子展示了如何从零开始学一个新技能
其实虽然教学了这么久,这个图一直都没画过,洲更出国教程,但是我还是没去学习。因为,学习了R语言之后,我不再焦虑,想要的时候都可以现场学,我想这是他带给我的特别重要的东西。把时间用在科研思考上,而不是去担心技术上实现不了。
昨天,我还发布了一个热情洋溢的招生帖子
久等了,果子学生信最新课程报名通知
这种感觉是很奇怪的,因为在我国有这么一个现象,车站,机场附近的东西比较贵。因为这大概率是一次性买卖,宰一个是一个。而住址附近的商店,价格就比较合理,有时候可能少个1块钱都没问题,这是为了能够取得长期的合作。
这就能够解释为什么都10次了,我还在更新我的课程,每次都想让他完整一点,有时候觉得实在不能在两天内讲完所有技能,就决定慢慢公布到公众号,让那些参加课程的以及愿意学习的人继续学习。这样我也不用鸡贼地去隐藏所谓的核心技能,我讲得好不好,我就在网上,是个持续的存在,接受所有中肯的意见。
好了,Flag不能再立了,再立都可以唱京剧了。我们保持联系,共同进步,看看持续学习6个月能达到什么状态,在那之前,只能风雨兼程。
第一周的总结在这里,喜欢的可以看看:
果子学生信一周汇总(6月10-6月16)
最后要感谢一些小洁,我又用上了新模板。
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