BUSCO安装

作者: 小黑采蘑菇 | 来源:发表于2024-03-19 15:57 被阅读0次

之前有小伙伴反应说是BUSCO很难安装,这里我们使用mamba来进行安装,
首先安装mamba

wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-pypy3-Linux-x86_64.sh
bash Mambaforge-pypy3-Linux-x86_64.sh
mamba activate mamba666

成功!然后开始安装busco,

# busco安装
mamba create -n buscoEnv python=3.7
mamba activate buscoEnv
mamba install -y -c conda-forge biopython=1.77
mamba install -y -c bioconda busco=4.1.2
# 警报说是blast 2.13.0 只能用单线程而不能多线程,所以需要重新安装一下blast的版本
mamba install -y -c bioconda blast=2.10.1
busco -h

成功!
记得每次使用之前要先用mamba activate buscoEnv进入环境喔~

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