Magic-BLAST简单介绍

之前看论文从全基因组重测序数据提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast
Magic-Blast is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome.
The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections.
The full list of options is listed when you use -help option.

论文题目、发表期刊及发表时间

Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads
好像还没有发表，自己是在bioRxiv上找到的论文
first posted online Aug. 13, 2018
doi: http://dx.doi.org/10.1101/390013

参考资料

• https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2018/08/22/magic-blast-accurate-dna-rna-seq-aligner/ 介绍
• https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档

下载地址

• ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST 直接解压出来就是两个可执行程序

基本的使用方法

• 1、构建数据库

makeblastdb -in Malus_baccata.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out Malus_baccata

-in 参考序列
-dbtype 数据类型：核苷酸和蛋白质可选
-parse_seqids 暂时还没搞懂这个参数的意思
-out 数据库的名称

• 2、比对

# 默认输入文件为fasta格式
单个fasta文件
magicblast -query reads.fasta -db Malus_baccata
两个fasta文件
magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db Malus_baccata
#如果输入文件为fastq格式
magicblast -query reads.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq
#双端数据
magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq

• 3、Splicing可变剪切
  By default, Magic-BLAST aligns RNA reads to a genome and reports spliced alignmets.
• 4、多线程-num_threads参数

magicblast -query reads.fasta -db genome -num_threads 10