1.准备文件

即要是1，2是一对串联重复，就将其放在一个文件内。
在上一步获得的文件，一对重复基因是一行，所以我们就将两列一行转为一列两行，并以两行为准分割文件，最后利用生成的文件将序列提取出来。

$for i in repeat_gene_id; do awk '{print $0}' $i |xargs -n1 >$i.bed; done
split -l2 $I.bed
$seqkit grep -f 分割出来的文件  cds_hits > 分割出来的文件.fa

2.计算Kaks值

计算kaks值之前需要将序列比对。kaks自带了将aln文件改为axt文件。

## 转换格式
$~biosoft/KAKS_Calculator/KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor xaa.aln xaa.axt

报错

打开这个axt文件，文件末尾会发现gap和别的比对上了。把多余的A及gap删掉。

修改之后

再次运行

结果文件

基因家族分析八(计算串联重复基因KAKS值)
1.准备文件即要是1，2是一对串联重复，就将其放在一个文件内。在上一步获得的文件，一对重复基因是一行，所以我们就...
基因家族分析七(筛选串联重复基因)
一：筛选串联重复基因 1.获取NBS的CDS序列将NBS的基因转录本的ID处理，一条基因只要一个CDS。EXCE...
基因家族分析（四）
基因家族流程：基因家族分析（一）基因家族流程：基因家族分析（二）基因家族流程：基因家族分析（三） ======...
如何寻找同源基因---OrthoFinder
构建物种的系统发育树，计算kaks值或者比较基因组学和进化的其他分析都少不了需要寻找同源基因。之前已经介绍过Ort...
基因家族分析（三）
基因家族流程：基因家族分析（一）基因家族流程：基因家族分析（二） =======================...
基因预测，你有考虑串联重复基因吗？
1、串联重复基因简介串联重复基簇，指基因家族中的各个成员之间紧密成簇排列成大串的重复单位，定于染色体的特殊区域。...
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）
系列目录：基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（一）基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）通...
基因家族分析（五）
共线性分析（Synteny analysis）及可视化基因家族流程：基因家族分析（一）基因家族流程：基因家族分...
kaks计算
简介简单多线程快速计算同源基因对kaks 依赖工具 ParaAT2.0 KaKs_Calculator2.0 P...
练习：基因家族
基因家族鉴定分析操作手册：基因家族基因家族鉴定基因家族鉴定分析总结 1.下载基因组信息文件，gff，cds，...