肿瘤纯度的算法有很多种，这里使用的是Estimate。 R包的安装和自带测试数据见这篇http://www.bio-info-trainee.com/3253.html。
根据平台信息将数据调整为如下格式
clean_data
这一步非常重要，因为estimate读取的是txt格式。
write.table(exprSet,file = "exprSet.txt",quote = F , sep = "\t" )
quote = F , sep = "\t"不能省略
scores
之前因为txt格式的问题总是报错，后来才发现必须要Tab分隔 囧
最后帮果子老师打个广告，R语言，30天从不会到不怕
参加了果子老师七月上海班，真的学到了不少东西，目前接触R有一个月了，要继续努力。
1.计算方法 肿瘤纯度的算法有很多种，这里使用的是Estimate。 R包的安装和自带测试数据见这篇http://...
前言 limma的全称是：Linear Models for Microarray Data 需要阅读limma的...
原文地址：http://x2yline.gitee.io/microarray_data_analysis_not...
原笔记地址：http://x2yline.gitee.io/microarray_data_analysis_no...
ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分，也可得到...
0.肿瘤纯度[http://222.70.95.243:6893/files/ESTIMATE%E5%88%86%...
一直没有用过tf.estimate，现在看到bert的官方代码是用tf.estimate写的感觉很有意思，所以学习...
文章参考生信技能树曾老师的帖子：使用ESTIMATE计算肿瘤的免疫得分[https://zhuanlan.zhih...
微阵列（Microarray）和RNA-seq（RNA sequencing） 微阵列（Microarray）和R...
本文标题：用Estimate计算microarray data的Tumor
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/gsoksctx.html
网友评论