用Estimate计算microarray data的Tumor

1.计算方法

肿瘤纯度的算法有很多种，这里使用的是Estimate。 R包的安装和自带测试数据见这篇http://www.bio-info-trainee.com/3253.html。

2.调整数据格式

根据平台信息将数据调整为如下格式

clean_data

3.将数据保存为txt格式

这一步非常重要，因为estimate读取的是txt格式。
write.table(exprSet,file = "exprSet.txt",quote = F , sep = "\t" )
quote = F , sep = "\t"不能省略

4.运行

scores

之前因为txt格式的问题总是报错，后来才发现必须要Tab分隔 囧

最后帮果子老师打个广告，R语言，30天从不会到不怕
参加了果子老师七月上海班，真的学到了不少东西，目前接触R有一个月了，要继续努力。