中医与西医有很大差别，最大的差别是思维方式的不同。
现在西方人士一直沿用笛卡尔的治学方法来观察世界，这种方法就是把复杂问题分解为多个比较简单的小问题，每个人研究一个小问题，待小问题一个一个解决后，再考虑大问题，这样大问题就会迎刃而解。
这种思维方法运用到医学领域就产生了现在的西医思维。西医将人体结构分解为消化系统、神经系统、循环系统等八个系统，一个医生只研究人体的某一个系统，这样他就可以在所研究的系统中无限深入，成为专一系统的专家。
随着医学的发展，研究领域越分越细，很多医生穷极一生只研究人体某一系统的某一小部分的某一小方面，最后也会成为专家。在这种治学方法下，西医建立了一套以生理、病理为基础的庞大的医学体系。
以一个普通肺炎病人为例分析一下这个体系的特点：病人首先会被导医分诊到呼吸系统的专家去诊疗，如果病人还兼有胃肠疾病则需请消化系统专家会诊，呼吸科专家一般不负责胃肠病。专家见到咳嗽病人，首先思考的是咳嗽的病理：咳嗽是肺的排异反应。为何有这种反应呢？需要进行辅助检查胸片、血常规，根据检查结果就可以判断是不是因为气管内的细菌引起的炎性刺激，然后通过痰培养可以确定细菌的性质，选择对该细菌有特效的抗生素，处方用药。
对于中医来说以前本来没有“专科专家”一说，因为中医认为人是一个整体，可是现在中医的看病思维模式沿用了这种西医模式。还是以这个病人为例：到中医专家那里看病，中医也会首先想咳嗽的病理：肺的宣发肃降功能失调。为什么会宣发肃降失调呢？是因为外邪感受风寒、风热，或是内伤，脾虚、肾虚等。如果病人是新病，发病时间短，可以判断是外感；咳嗽吐黄痰，通过痰的性质判断是风热咳嗽，然后选择宣肺化痰清热的方剂治疗。咳嗽-肺的排异反应-炎症-消炎；咳嗽-肺宣发肃降异常-风热-清热化痰，从这两个思维模式来看只是名词不同，方式却一模一样。
这不禁让人感到疑惑：西医的生理病理的看病方式何时成为了中医医生的看病方式？中医被同化了却不自知，真正的中医思维去哪里了？
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