一、软件下载
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。
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由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在 Linux 服务器端使用的需求。这里推荐几种方式：
- 配合远程控制软件来使用，国产推荐 Todesk，向日葵
- 话说目前有部分单位禁止远程软件，推荐结合 Jupyter 来使用
- 建立 FTP 来通过 url 访问
建议最好安装在固态硬盘所在分区，提高加载速度。
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如果没有在桌面找到 IGV 软件，按住 Win 键，搜索 igv 可以找到并运行
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IGV 有下载文件的需求，所以通过网络访问权限
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二、软件介绍
1、数据载入
为了方便介绍功能，我们需要先下载几个测试数据：
测试数据下载：
下面的数据来自人肝脏的 DNaseq 数据，分别为bigbed 文件与 bigwig 文件：
想了解更多基因组相关文件格式：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/109367884
载入数据：
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成功载入数据
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切换其中一个染色体：
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2、软件面板
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这里分五大部分来介绍：
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工具栏
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轨迹信息栏
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基因组窗口
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轨迹窗口
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基因窗口
1、工具栏
从左到右依次为划分为三个小工具：
参考基因组工具
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a. 选择参考基因组物种及版本，如果没有本地版本，需要联网下载
b. 选择染色体编号
c. 搜索染色体区间，格式如图所示，最常用的功能还是输入感兴趣的基因，直接跳转到对应的位置
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视图操作工具
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依次为主页面，前一步，后一步，刷新，定义区域，Trace适屏，弹出信息显示
缩放工具
用于控制整个视图的缩放比例，快捷键
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2、轨迹信息栏
右键可以打开菜单，进一步修改，后面详细来研究。
3、基因组窗口
上部分为整条染色体，点击即可跳转该位置
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下半部分为目前染色体可见部分对于的染色体位置，用刻度线标识，单位为碱基数。
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4、轨迹窗口
每一行代表一个样本的 Trace
5、基因窗口
显示基因的特征区域，可以与 Trace 面板配合，来查看研究区域的生物学信号。
三、常用操作
1、下载参考基因组及注释
- 左上角点击
More:
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-
搜索物种名及其参考基因组版本：
更多参考基因组知识：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/117486244
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- 进入下载进度，这一步比较慢，建议科学上网或晚上挂着下载
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2、数据加载
目前支持的格式包括：
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序列比对：bam，cram
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基因组注释：bed, gtf, gff3, psl, bigbed
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信号数据：wig, bedgraph, bigwig, tdf
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拷贝数：seg
拖动文件到轨迹窗口
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本地文件载入
右上角点击 File-> Load from File，选择本地文件即可
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通过 URL 加载
如谷歌的数据gs://genomics-public-data/platinum-genomes/bam/NA12877_S1.bam，自己有服务器最好建立 ftp 站点，方便查看
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通过官方服务器加载
这里有一些公共项目的数据集，有兴趣的小伙伴可以多浏览
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3、搜索
在工具栏的搜索框输入，图中 C 的位置：
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有几种搜索方式：
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按基因组坐标搜索：
chr6:64,664,854-64,666,044 -
按基因名搜索：如
pou5f1，但是不支持别名等其他名称搜索 -
按突变搜索，支持两种格式：
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如
KRAS:G12C，搜索 KRAS 第 12 个氨基酸上，从G 到 C 的突变。*表示终止密码子 -
如
123A>T，搜索 KRAS 第 123 个氨基酸，从 A 到 T 的突变
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4、放大缩小
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放大：
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双击轨迹窗口
-
按住
Shift健，单击轨迹窗口 -
点击缩放工具
+ -
在基因组标尺窗口按住左键滑动，选中区域便会放大
-
-
缩小：按住
Alt健，单击轨迹窗口
5、滚动平移
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水平移动
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按住左键在轨迹窗口左右拖动
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点击基因组标尺或染色体图
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←和→键 -
Home和End键
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垂直滚动
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按住左键在轨迹窗口上下拖动
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↑和↓键 -
Page Up和Page Down键
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6、右键菜单
在轨迹信息栏和基因窗口都可以右键呼出如下菜单栏，我们在出图时会依次用到
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四、绘图
1、折线图
右键选择折线图选项
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修改颜色
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设置颜色
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设置数据值域
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这里试试设置不同的数据范围，也就是值域，这里注意 Y 轴变化
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设置
Min,Mid,Max依次为0,0,0.2，效果如下
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设置
Min,Mid,Max依次为-0.2,0,0.2，效果如下
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-
设置
Min,Mid,Max依次为-1,0,1，效果如下
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最终效果如下：
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2、散点图
切换到散点图选项
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设置同折线图，效果如下
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3、条形图
切换到条形图
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设置同折线图，最终效果
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4、热图
选择热图选项
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配置参数
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设置
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效果
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总结一下，一共可以绘制四种图，包括：
热图
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折线图
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条形图
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散点图
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5、基因
右键可以打开设置菜单，一共有三种形式选择：
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堆叠形式
多个转录本堆叠在一起显示
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展开形式
分别显示多条转录本
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压缩形式
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样本参数设置
基因特征显示
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6、保存图片
支持格式两种 png，svg。这两种格式导出后，用 PS 和 AI 修改后就是论文中常见的图啦。
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