药物治疗是临床医师与药师利用可支配的药物资源对机体的异常生理、病理或病理生理状态进行矫治的过程。
临床医师与药师在药物治疗过程中的一般思维过程为：
首先需明确患者的问题，即对疾病的明确诊断，随后拟定治疗目标，并选择适当的药物、剂型、剂量与疗程，然后开具处方并指导患者用药，开始药物治疗的过程。
一、明确诊断
正确诊断是开始正确治疗的关键步骤之一。
临床药师的主要者职责是在医师作出正确诊断的前提下，协助医师制定完善的药物治疗方案，实施正确的药物治疗。
二、确定治疗目标
治疗目标是在对疾病和患者自身充分了解的基础上，确立的希望达到的疾病治疗最终结果。
目的的确立是一个决策过程，不仅要从治疗疾病本身出发，更应从患者综合结果去考虑，因此需要充分考虑并尊重患者的个体意愿。
治疗目标越明确，治疗方案越简单，选择药物就越容易。
三、治疗方案的选择
针对一个治疗目标往往有多个治疗方案，多种治疗药物。
需要综合考虑疾病、患者各方面的情况和药物的药理学特征，按照安全、有效、经济、方便的原则，确定治疗药物、剂型、剂量、给药时间、给药方式、时间间隔、疗程和注意事项等，选择最佳治疗方案。
药物治疗方案主要取决于药物在这个患者体内的药动学特征。
如果已知该患者与药物消除有关的主要器官有疾病，则需对一般性的给药方案进行适当调整。
四、开始治疗
五、监测、评估和干预
在确定治疗目标时，实际上就同时设定了反映疗效的观测指标与不良反应的观察终点，需要在治疗过程中对这些指标和终点进行监测，以评估治疗效果，进行适度干预，决定继续、调整或是终止治疗方案。
对治疗的监测有两种方式：
（1）被动监测
向患者解释出现治疗效果的表现，告知患者如无效或出现不良反应时应做什么。
在这种情况下，是由患者自己监测。
（2）主动监测
依据疾病类型、疗程、处方药量确定复诊时间，进行必要项目的检测，有医师自己评估治疗效果。
无论何种原因停止药物治疗时，应切忌不是所有的药物都能立即停药。
为防止出现停药反跳护或撤药综合征，有些药物（如精神神经系统用药、糖皮质激素、B塔受体拮抗药等）需要经过一个逐渐减量的过程才能停药。
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