美文网首页
conda进行服务器R版本管理

conda进行服务器R版本管理

作者: DataScience | 来源:发表于2021-07-13 12:10 被阅读0次

通过conda进行R版本管理不需要管理员权限,并且非常方便高效,下面我们学习一下该如何使用。

1. 安装Miniconda

下载conda

curl https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O

输入下面的命令,按照引导安装conda,如有必要请修改安装位置(默认安装在HOME下面):

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 创建环境安装特定版本R

创建并激活一个新的环境,在不进入环境使用的是全局的R(如果有的话),进入环境可以使用在环境中安装的R版本,避免冲突。例如我们想要安装最新的R v4.1.0(于2021-05-18发布):

conda create --name r_4.1.0 -c conda-forge r=4.1.0 r-essentials

上面命令的意思为:

  • conda create –name r_4.1.0创建一个叫做'r_4.1.0'的环境
  • -c conda-forge r=4.1.0指定使用’conda-forge‘频道进行安装。最后指定版本号为4.1.0,没有这部分的话会自动安装最新的R
  • r-essentials,安装一些基础与常用的R包,这部分内容是可选的,遇到问题的话可以试着去掉这句

检查安装信息确实是想要的R版本(下图),输入y确认安装即可。

图1

3. 补充内容

3.1. conda环境操作

  • 查看环境:conda env list

  • 进入环境:conda activate env_name

  • 退出环境:conda deactivate

  • 删除环境:conda env remove --name env_name

3.2. R配置

在HOME目录下新建.Rprofile文件(vim ~/.Rprofile),输入以下内容:

# 设置R包默认安装镜像
# 以清华大学镜像为例:
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) 

# 设置bioconductor的默认安装源:
# 以清华大学镜像为例
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# 设置默认R包安装路径,以后重装R就不用重新装包了: 
.libPaths("自定义Rlibrary路径")

# 设置默认工作目录: 
setwd("自定义工作路径") #自定义路径必须已经存在,路径中不要出现汉字

甚至可以定义自己新装的R的调用命令:

ln -f R路径 任意环境变量目录/new_R_name

3.3. conda设置镜像

# 中科大镜像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/
# 阿里镜像源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
# 豆瓣的python的源
conda config --add channels http://pypi.douban.com/simple/ 
# 显示检索路径,每次安装包时会将包源路径显示出来
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --set always_yes True
# 显示所有镜像通道路径命令
conda config --show channels

4. 参考资料:

  1. Keeping my R life organized

  2. r-base 4.1.0安装方式

  3. Conda配置国内镜像源

  4. Manage your Python Virtual Environment with Conda

相关文章

  • conda进行服务器R版本管理

    通过conda进行R版本管理不需要管理员权限,并且非常方便高效,下面我们学习一下该如何使用。 1. 安装Minic...

  • conda 安装R语言及其R包

    conda能安装上R3.5之后的版本和R包。 001.下载conda windows 到清华 https://mi...

  • 利用conda 在无法联网的服务器安装软件

    因为一般服务器上glibc和gcc的版本较低,使生信软件的安装异常费时。利用conda进行软件包的安装和管理非常的...

  • Conda管理多个版本的R, python

    Conda是一个非常好用的工具,既可以管理packages,也可以管理和下载软件,还可以建立多个虚拟环境来独立运行...

  • Conda管理多个版本的R, python

    Conda是一个非常好用的工具,既可以管理packages,也可以管理和下载软件,还可以建立多个虚拟环境来独立运行...

  • Linux中安装R包pophelper

    R包版本首先使用conda下载devtools 进入R并使用devtools下载pophelper 如图 成功安装...

  • 使用bgzip命令解压文件遇到的一个报错

    这个服务器上没有bgzip这个命令,我使用conda进行安装 这个安装的是 0.2.6版本 解压 遇到报错 然后我...

  • 学习笔记Day3 by康康

    Conda Conda是什么 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依...

  • conda-安装R包

    最近想要用conda来进行R包的安装和环境管理,搜索了一下发现可以用yaml文件进行管理。 以下安装一些常规差异分...

  • Linux-conda相关

    一、conda相关命令 1.conda版本、镜像 2.常用命令(1)升级 (2)管理环境 (3)包管理 (4)清空...

网友评论

      本文标题:conda进行服务器R版本管理

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/hargultx.html