第二地球和第三地球也原本以为接下来的日子可以太平，但是上天又一次和人类开了一个玩笑。人类遇到了有史以来最大的危机，这个危机是过去几千万年从未遇见过的，但地球曾经遇到过。
宇宙在持续膨胀，在宇宙中分布的星系和星云也在相互作用，在宇宙的发展历程中，星系互相碰撞和融合也是常有发生。星系碰撞在宇宙中相当普遍，至于星系碰撞的结果，可能取决于两个碰撞星系的大小。
星系碰撞的一种可能的结果，就是星系的合并。假如参与碰撞的一个星系比另一个大得多，那么小星系呈旋涡状逐渐坠向最大的星系，直到被大星系“吞噬”掉为止，这些大星系则变得愈来愈大，继续吞食比它们小很多的星系。
根据人类观测，本星系群的主要成员仙女座星系与我们所在的银河系最终会走向合并的命运，但是这样的合并预计需要30亿年。可是在宇宙中除了像仙女座星云这样可以观测的恒星星云，还有无数无法被直接观测的暗星云。
星系在吸收另外一个大型星云进入时候，会因为与暗物质的相遇以及碰撞产生灾难性的后果，太阳系以及后来人类探索的第二和第三地球都在银河系的边缘。就好像过去人们常说的那样，未来和明天，不知道那个会率先到来。
在第四地球迁移离开后的七百年，有一团暗星云侵入银河系。虽然七百年间第二地球和第三地球也时长有冲突发生，但是这次遇到的情况是人类从未遇到过的。
入侵的暗星云体积是太阳系大小的十万倍，银河系的猎户悬臂相交而过，有数万个恒星系被冲击，人类最好的选择只剩下逃亡一条路可以走。
其实在可以机动飞行的星舰面前，星云的融合也并非那么恐怖，人类的飞船并不像恒星系那样有着固定的轨道，只要人类在太空航行就可以避免这次灾难。人类最终逃离了第二和第三地球，所以这两颗地球也变成了赤裸状态。
为了留存人类文明，逃亡过程中人类选择的方向不一样，他们中一部分人在逃离中选择了第五地球爱美克星的方向，最后在爱美克星进行补寄，这也是后来能够了解第二和第三地球发展的真正原因。
其实星鲲一号和二号抵达爱美克星后，在逃亡人类到达的两千年见，人们对碎片区持续进行了研究和考察，从中吸取的技术早已经能够让第五地球的人类制造出材质坚硬的巨型星际飞船。
原本第五地球的人还对是否进入星舰文明持怀疑态度，可是了解了其他地球的遭遇后大部分人选择进入星际航行，人类彻底进入星舰文明时代。
第五地球只留下了不到一百不愿意离开的人类，这些人希望可以过田园一般的生活。所有的工厂和设施都被带走了。人类文明的继承不是一百人可以完成的，这需要完整的工业和产业链，就好比一个工程师无法独立制造一架现代化的飞机一样。
原本云飞以为这一百人会在第五地球上孤独终老，但是没想到最后他们渐渐恢复了犹如人类祖先那样采摘和狩猎的生活。
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