Cytoscape可视化相关性结果

两个指标的相关性表示方法很多，此处介绍Cytoscape软件可视化相关性结果的步骤。这里展示基因与转录因子的相关性结果。

先看成图 相关性网络图

步骤
1.计算两者相关性，整理成如下表格：

输入相关性结果
第一列与第三列为注释的基因与转录因子的ID，可以省略。一般只需要两者的名称即可。
2.若有基因/转录因子的相关注释也可整理成另一张表格，用作注释，如图所示。后面可根据基因/转录因子ID进行自动匹配，目的是方便以注释中的某一列改变线的粗细或其他。 注释表 3..建立新的网络；
3.导入相关性结果文件；
3.根据自己的需求设置起始点或终点；
4.导入注释表
5.若要改变图形形状，如圆形，可选择要更改的点，右键select即可选中变黄色，如图所示操作改变成圆形
6.即变成如图所示 7.根据不同类别基因/转录因子定义不同图形
点击左下角 固定为正圆形或方形 8.根据不同类别更改字体颜色
9.根据不同类别更改节点的颜色 10.选择Edge选项，根据相关性大小改变线的粗细 根据正相关或负相关改变线的颜色，如正相关为红色，负相关为蓝色

其他更改可根据自己喜好修改，具体参数如下图所示（来自网络注释）