日本境内的六十多座活火山构成了世界如今仍在活动的火山数量的大约10%。在几千年的时间里,由这些火山喷发出的火山灰被冲刷进湖泊和沿海浅水处,有助于具有肥沃土壤的沉积平原的形成。
日本的地质遗产使得其缺乏地质构造的平地,也就是寒武纪之前或之后的水平基岩。相反,它的平地很小,且绝大多数是冲积盆地,周围尽是陡峭山坡,使得在平地之外几乎没有逐渐上升的原野或丘陵地。于是,当一个地方的人类社群开发利用了那里可供耕种的平地农田后,周围基本没有边缘空间可供扩展。所以,从资源的丰富到生态的超载,发生的非常快。
其次,没有遭受冰河期的冰体摩擦,日本山山保持着自己的高度和陡峭,地面地下水流方向和密度没有被打乱,自然排水系统在构造上和水文上得到较好的保持。这种较为有序的低地地形,培育出土地使用模式上的统一和规整。
加之,在每年的六七月份,太平洋上空的气流把暖空气带到东北亚,带来了覆盖九州,并扩散至四国、本州的暮春的“梅雨”和之后干燥、炎热的夏季。
这样的地质基础和气候条件,形成了日本南部广泛的低地灌溉水稻农业,以及不利于作物生长的东北部,进而产生了与这些模式相伴的人口聚居形态和社会结构。
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