FUNGuild真菌功能预测

作者: 赵会成 | 来源:发表于2019-03-07 22:09 被阅读41次

FUNGuild真菌功能预测
普通植物病理学（许志刚）读书笔记—14
第二章—真菌的生物学特性
[lncRNA|数据库] lncRNA功能预测
真菌
真菌
真菌
真菌
真菌
易经的预测功能

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营养方式（Trophic mode）：

病理营养型（pathotroph）、共生营养型（symbiotroph）和腐生营养型（saprotroph）三种类型；

Pathotroph = receiving nutrients at the expense of the host cells and causing disease (e.g., biotroph, parasite, pathogen, etc.);

以宿主细胞为代价接收营养物质并引起疾病（例如，生物营养，寄生虫，病原体等）;

Saprotroph = receiving nutrients by breaking down dead host cells (e.g., wood rotters, litter rotters, etc.);

通过分解死宿主细胞（例如，木材腐烂物，垫料转子等）来接收营养物质

Symbiotroph = receiving nutrients by exchanging resources with host cells (e.g., ectomycorrhiza, lichens, etc.)].

通过与宿主细胞（例如外生菌根，地衣等）交换资源来接收营养物。

Guild类型（Guild）：

动物病原菌（animal pathogens）、丛枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi）、外生菌根真菌（ectomycorrhizal fungi）、杜鹃花类菌根真菌（）、叶内生真菌（foliar endophytes）、地衣寄生真菌（）、地衣共生真菌（lichenized fungi）、菌寄生真菌（）、植物病原菌（plantpathogens）、未定义根内生真菌（undefined root endophytes）、未定义腐生真菌（undefined saprotrophs）和木质腐生真菌（wood saprotrophs）。还包括三类形态特殊的真菌：、facultativeyeast 和 thallus。

Pathotroph: Animal Pathogen (including human pathogens - typically annoated as such), Bryophyte Parasite, Clavicipitaceous Endophyte, Fungal Parasite, Lichen Parasite, Plant Pathogen;

Saprotroph: Dung Saprotroph (i.e., coprophilous), Leaf Saprotroph (e.g., leaf litter decomposer), Plant Saprotroph, Soil Saprotroph (e.g., rhizosphere saprobe - typically annoated as a rhizosphere fungus), Undefined Saprotroph (e.g., a general saprobe, or in cases where the ecology is not known but suspected to be a saprobe), Wood Saprotroph (e.g., wood rotting fungi);

Symbiotroph: Ectomycorrhizal, Ericoid Mycorrhizal, Endophyte, Epiphyte, Lichenized

置信度（Confidence）：

基于已发表文献或权威网站或作者实验室研究数据对分类结果给出可信度评估，分“极可能”（highly probable）、“很可能”（probable）和“可能”（possible）三个等级，初学者建议采纳前两种置信度的数据结果。

生长形态（Growth ）：

即上面提到的除12种guild类型之外的3种生长形态类型（yeast、facultativeyeast和thallus）；

特征（Trait）：

描述某些真菌的生长时的特征，如白腐（white rot）；

注释（Notes）：

描述某些真菌的寄主类型、生境特征等；

引用/来源（Citation/Source）：对真菌进行功能guild划分的参考文献或网站信息。

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本地版下载地址

https://github.com/UMNFuN/FUNGuild

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