确切的说，明代的内阁制与宰相制既有区别又有联系。由于明初为皇帝办事的阁臣都被称为某殿或某阁的大学士，人们出于礼貌，也为了跟翰林院的学士相区别，往往称其为阁臣，官方文书里叫做辅臣，民间一般称作“阁老”，也有叫宰相的。这不是没有道理，因为阁臣活动在皇帝身边，所做的事物就是承上启下，替皇帝发布政令。百官要是有事上书，往往是密封后递交给通政司，通政司将其送给内廷的会极门，在那里由太监接收，再转给皇帝或者内阁，这时内阁就可以就可以“密揭”，向皇帝秘密论事，所谓“外廷千言，不如禁密片语”。从这样的角度看，阁臣确实有以往的宰相的一部分权力。因此一旦有人被任命为阁臣，人们往往称之为“入阁”，“入阁”与“拜相”在普通人看来就是同义词。
但是从明代的政治实际情况来看，阁臣与宰相还是有着很大的区别。
一：从政治权力来看，宰相制度下的宰相地位是相当高的，有人戏称其为皇帝之下最高级别的官员，甚至连皇帝也要敬他三分。宋代以前的宰相上朝议事，皇帝还要赐座给他，赵匡胤与弟弟赵匡义两帝采取了措施削弱相权，朱元璋登基后对其更是予以不遗余力地压制。但就此而言，明初宰相府不仅是国家的一级正式官署，而且具有许多法定的政治权力，它直接管辖国家行政六部，向他们发号施令；而六部有什么事也直接向宰相汇报和请示，甚至有些事情连皇帝也不一定知道。正因如此，在朱元璋看来，这种相权是对君权的一种侵夺，不能容忍，在洪武十三年便废除了宰相。与宰相的权势相比，阁臣简直不敢望其项背。宰相制下的宰相拥有决策权、议政权和行政权，自永乐开始，皇帝把原来宰相拥有的决策权牢牢攥在手里，行政执行权交给六部，而议政权则分给了内阁，内阁参与朝议或讨论国家大事，有时在一定程度上影响朝廷的决策，因此说它是皇帝的最高幕僚团和参议机构。
二：从行政级别来看，宰相往往位居一人之下万人之上，正一品，偶尔也有从一品，即一级国家公务员，相当于总理；而阁臣的行政级别压根儿就没那么高，如朱棣统治初期任命的7个阁臣，品秩最高的是大才子解缙，入阁前他是六品，入阁后升了点，但也不过五品，大约相当于一个知府的行政级别。7人中位居末位的胡俨入阁前是从七品，连一个县太爷都不如。他们直接为皇帝办事，介于皇帝与六部尚书之间，而他们的行政级别反而不如六部长官（尚书与侍郎一般是正二品或从二品），对此《明史》说得极为到位：“虽居内阁，官必以尚书为尊”。为了提高阁臣的品秩又不破坏传统，皇帝会让阁臣做兼职，通常的做法是先任命某个将要入阁的大臣为礼部尚书或侍郎，再冠以“某殿某阁的大学士”，这样，阁臣的行政级别就大大提高了，但没有形成固定的规制，直到明朝灭亡，内阁阁臣的行政级别极其不稳定。
三：从行政官署来看，宰相往往有自己的正式办公场所与发号施令的机构——宰相府，宰相府里有许多属僚——左丞、右丞和参知政事等，可内阁阁臣就没这个待遇，一般他们在某殿或某阁办公，手下只有几个管理卷宗、抄抄写写的文书，相比宰相很是寒酸。
四：从直接负责管事的人数来看，宰相府一般就是左宰相和右宰相负责，人数很少；与此相比，内阁制下的阁臣人数则较多，明朝阁臣最多的时候是8个。
五：从任职者的学历来看，历代宰相并不一定要什么“科班”出身，只要你与皇帝的关系够铁，有一定的家族威望或个人威望都有可能做宰相；而内阁的任职学历条件就比较苛刻，一般来说起码是进士出身，所谓“非甲科（进士）不得入阁”。明代阁臣的高学历远胜于历代的宰相，这对大明的科举和政治文化都产生了深刻影响。
六：从官场排序来看，皇帝一旦钦定宰相、副宰相等官职后，他们的排序相对稳定。譬如，皇帝任命某人为宰相，但随后他因降职外调会丁忧回家，一旦重回宰相府时，他的官场排位就要根据皇帝的意愿重新安排，相对而言并不讲究论资排辈；但内阁的阁臣之间的排位就十分死板，阁臣中的排名相当讲究，排在第一的相当于领班，也就是首辅，位居第二的为次辅，以下是三四五六依次排位，这种排位在明英宗时演变成了不可更改的死规矩。首辅就是首辅，次辅要想当首辅的话，除非首辅离职或死掉，其他的三四五六以此类推，都要等到前面的人“去了”才能上升。
还有一种特殊情况，首辅若是离职了一段时间有重新回来了，那么，原先是次辅升为首辅的，要把首辅让出来，还给原来的首辅，自己继续当次辅。这种死规矩带来的后果由两种，一是一旦你入阁了，即使你再有才，挡在你前面的老家伙不走，你休想有所作为，只能慢慢的等，如此论资排辈使得大明朝国家中枢缺乏活力，死气沉沉；第二，依次排序，排到谁当首辅都是老规矩定好的，皇帝根本不用操心，这可能也是明朝皇帝大多不务正业的一个原因吧。
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