朱元璋于1368年称帝，建立了大明皇朝。虽然元顺帝已经逃往上都和林，割据各地的军阀也基本被消灭。但是，经过元朝历代皇帝的荒纵，还有数十年以来的战祸，封建统治秩序几乎全被打乱。现在首先要做的是恢复统治秩序，发展生产。
重建一个国家不是朱元璋手下这些大将能做到的，就是文臣之首李善长也不能做到完美。此时，刘基呕心沥血，为大明朝重建封建秩序作出了巨大的贡献。洪武元年，朱元璋登基称帝后，拜刘基为御史中丞兼太史令加太子赞善大夫。
即位后，朱元璋问刘基，过去群雄角逐，生灵涂炭，现在天下太平，应该用什么方法使百姓休养生息呢？刘基回答说，使百姓安居乐业，就是要做到对百姓实行仁政，不要过分剥削百姓，这样天下就会安定。从这里我们可以看出，刘基治理国家的理论基础是传统的儒家思想。早在他投奔朱元璋之前，他就有一套完整的匡治天下的理论和方法，这个理论和方法，集中地反映在他所著的《郁离子》一书中。
他认为，治理天下就像医生治病一样，关键在于切脉、审证、开方、用药几个环节。
治理天下也同样是这个道理，一个国家的纲纪就是这个国家的脉象，社会治乱就是症状，道德和刑罚就是药房，而各级管理人才即大小官吏就如治病的药材，只要把握国家的纲纪、德刑、人才就能治理好天下。
他认为治世的原则，应该是德刑并用而以德为主，就是要首先反对暴虐，反对无止境的榨取，要有仁爱之心，懂得关心和爱护百姓以仁慈感天下，同时还必须有严明的法纪，有法必依，执法必严，使人有所畏惧，以维护不可动摇的封建统治秩序。德治威行，前者是本，后者是辅，只有德治才能真正取胜天下。
他还认为，德治的关键在于吏治，即在于选用人才。治好天下应该启用秉公执法、德才兼备的人担任各级官吏。他主张不拘一格选拔人才，唯能是用，量才录用。刘基根据这套理论与方法，帮助刚刚建立政权的朱元璋治理天下，收到了很好的效果。
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